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喜气洋洋

金虫 (初入文坛)

[交流] Taq和KOD酶使用讨论已有5人参与

做定点突变PCR,扩增6千多b的片段,前三次用的Taq酶,扩增后可以看到条带,且进行了胶回收,测的DNA浓度有17.2ng/ul,用Dpn1酶切后,转化感受态。然后涂板,没有长斑,以为是浓度不够的问题,后面特意在浓度上做了富集,都没长。第四次选用了KOD酶,今天早上过来一看,有斑了。想了半天为什么,现在有两个可能,在此和同在做的小伙伴们交流一下,希望前辈们给予指导。首先,是不是因为Taq酶有在末端加上A的原因,影响了扩增片段粘性末端的环化连接。第二,是不是Taq酶不能扩增好6kb以上的片段,但是为什么有出现了目标大小的片段呢?第三,如果是浓度问题,我在第二次时,特意将循环加到了35个,后面涂板时还先富集浓缩后,再涂的。结果仍然是什么都没长。
虽然实验做过去了,但是还想回过头来问问失败的原因,不想让自己的埋头实验变成无用功。希望,同行们看帖后也帮我想想,一起交流成长。

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学海无涯懂做舟
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喜气洋洋

金虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by starseacow at 2014-07-13 16:15:16
我做点突变都是用的KOD,没试过Taq。虽然也有一些报道直接用Taq或Taq plus做点突变,但我认为存在一些潜在的问题,首先,普通Taq酶错配率相对较高,不如KOD等高保真酶。其次,普通Taq不是很适用于大片段扩增,我怀疑 ...

谢谢您的指导

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学海无涯懂做舟
4楼2014-07-13 22:53:05
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喜气洋洋

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by oaixlittle at 2014-07-17 10:06:55
请问如何调PCR buf的pH?...

buffer应该没什么问题吧,那个Taq酶和buffer我一直在用,其他pcr时都没问题。

[ 发自小木虫客户端 ]
学海无涯懂做舟
8楼2014-07-17 11:55:32
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