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wininghe

金虫 (职业作家)

[交流] KOD酶这样的温度设计合理吗? 已有4人参与

KOD       
95℃(3min)       
95℃(30s)
Cyc:35       
55℃(30s)
72℃(1min)
72℃(3min)       
4℃(10min)
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yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流。 2012-04-14 18:32:15
wininghe: 回帖置顶 2012-04-15 08:53:57
silicare: 金币+4, BioEPI+1 2012-04-18 08:14:06
好像KOD延伸温度是68℃。4℃可以没有,我认为应该:
94℃(3min)        
98℃(30s)
Cyc:30   (虽然是高保真,过多的循环会增加产物的错误几率)   
55℃(30s)
68℃(1min)
68℃(5min)        
4℃保温
祝好
2楼2012-04-14 09:00:20
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普通回帖

jimmy7633

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流。 2012-04-14 18:32:21
KOD延伸温度是68℃,但据说保真性不是很好。退火温度和延伸时间和你p的目的片段有关,一般情况1kb/min。
3楼2012-04-14 17:15:57
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wininghe

金虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yuanbo934 at 2012-04-14 09:00:20:
好像KOD延伸温度是68℃。4℃可以没有,我认为应该:
94℃(3min)        
98℃(30s)
Cyc:30   (虽然是高保真,过多的循环会增加产物的错误几率)   
55℃(30s)
68℃(1min)
68℃(5min)        
...

谢谢啊。

产物的错误几率 指的是什么错误?
4楼2012-04-15 08:28:37
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wininghe

金虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yuanbo934 at 2012-04-14 09:00:20:
好像KOD延伸温度是68℃。4℃可以没有,我认为应该:
94℃(3min)        
98℃(30s)
Cyc:30   (虽然是高保真,过多的循环会增加产物的错误几率)   
55℃(30s)
68℃(1min)
68℃(5min)        
...

我这个位点是309bp,那么退火温度和延伸温度应该是多少?
5楼2012-04-15 08:55:56
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yuanbo934

至尊木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by wininghe at 2012-04-15 08:55:56:
我这个位点是309bp,那么退火温度和延伸温度应该是多少?

延伸温度30s就可以了,其它不变。
6楼2012-04-15 09:07:36
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lwiaanngg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不用太在意你的extension time了,多注意点annealing了
7楼2012-04-17 21:17:56
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
silicare: 金币+2, 谢谢参与 2012-04-18 08:13:42
KOD是目前我做实验用到的错配率最低的酶,对于植物材料,效果优于pfu和Phusion。延伸温度我一般使用72度,这个实际上影响不大,KOD扩增延伸速度可以达到2 kb/min,所以每个循环延伸时间有30 s就够了。
植物生理群69993869,为避免广告,申请加入请提供木虫昵称,院校及专业信息
8楼2012-04-17 22:03:44
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