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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 模式生物 » 拟南芥突变体鉴定
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段星亮

铜虫 (初入文坛)

[求助] 拟南芥突变体鉴定 已有1人参与

我查到拟南芥突变体salk序号的种子是T-DNA插入突变，可以从T-DNA primer design 直接找到鉴定该突变体的LP,RP，如果是cs序号的突变体要怎么鉴定？
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1楼 2014-07-07 10:39:03
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
在TAIR上查不到插入位点吗？
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2楼2014-07-07 16:26:49
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段星亮

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-07-07 16:26:49
在TAIR上查不到插入位点吗？

找不到啊，好像没有查不到，要不你给帮忙试试  cs236 谢啦
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3楼2014-07-07 21:41:48
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
查这篇文献：The Arabidopsis thaliana HY1 locus, required for phytochrome-chromophore biosynthesis, encodes a protein related to heme oxygenases
TAIR上也有，是个点突变，这是网址http://www.arabidopsis.org/servl ... amp;type=polyallele
拟南芥突变体鉴定
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4楼2014-07-07 23:16:10
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段星亮

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2014-07-07 23:16:10
查这篇文献：The Arabidopsis thaliana HY1 locus, required for phytochrome-chromophore biosynthesis, encodes a protein related to heme oxygenases
TAIR上也有，是个点突变，这是网址http://www.arabidopsis ...

这个我知道，我的意思是如果刚买突变体种子需要鉴定，能不能网上找到引物，类似于salk T-DNA primer design ，或者是要自己设计引物？
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5楼2014-07-08 09:39:03
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 段星亮 at 2014-07-08 09:39:03
这个我知道，我的意思是如果刚买突变体种子需要鉴定，能不能网上找到引物，类似于salk T-DNA primer design ，或者是要自己设计引物？...

文献里没有的话，只能自己设计。看下点突变是否产生酶切位点变化，如果有，那比较好办，直接扩增含有该位点的一段序列后酶切分析就行；如果没有，就用dCAPS Finder设计引物，扩增后酶切鉴定。
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6楼2014-07-08 14:10:29
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