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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于拟南芥mapping遇到的很严重的问题
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bobby7513

新虫 (小有名气)

[求助] 关于拟南芥mapping遇到的很严重的问题

是这样的，实验室用两个拟南芥自然突变体，在一定压力下有很明显的表型差别，杂交F1是显性，F2分离比是37:37:25，然后继续往下做，定位到一定区间后，测基因型显示，部分表型和基因型对不上，其他多数都一致（正是用这些定位的），问题来了，不敢再往下做了，不知道大家能不能分析下，为何在定位到一定区间后，F2表型基因型不一致？如何继续往下做？谢谢你了。
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1楼 2013-10-20 16:32:48
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

nasi

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bobby7513: 金币+3 2013-10-23 03:44:08
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-23 08:31:41
也许是你所找的定位区间不是真正的位置。也许是多位点控制的表型。再或者表型鉴定不够准确。请问是用连锁分析的方法做的，什么标记类型，标记密度多少？
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3楼2013-10-20 23:11:12
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sun_in_night

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-22 16:40:20
不是很懂你的意思，一般做拟南芥mapping不是都是Col和lan杂交吗？你怎么拿两个mutant杂交做mapping？而且这个37:37:25的分离比是什么意思？
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6楼2013-11-16 03:20:07
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普通回帖

steler_ly

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不能回答你的问题。 但是，依据你讲的，有没可能与表观遗传学有关。
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2楼2013-10-20 18:41:03
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bobby7513

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by nasi at 2013-10-20 23:11:12
也许是你所找的定位区间不是真正的位置。也许是多位点控制的表型。再或者表型鉴定不够准确。请问是用连锁分析的方法做的，什么标记类型，标记密度多少？

现在怀疑是多位点的，表型肯定有一定出入，但都是尽量客观评价的，基本符合3:1的，用的sslp，会不会是其他基因的干扰，应该怎么验证呢？
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4楼2013-10-23 03:46:43
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bobby7513

新虫 (小有名气)
顶一下……
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5楼2013-11-16 00:27:38
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bobby7513

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sun_in_night at 2013-11-16 03:20:07
不是很懂你的意思，一般做拟南芥mapping不是都是Col和lan杂交吗？你怎么拿两个mutant杂交做mapping？而且这个37:37:25的分离比是什么意思？

sorry，我说的应该是col 和ler的生态型，要是突变体反倒会好做了，f2的分离比表型共线性，为了继续往下做，而划定的，目的是为表型检测
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7楼2013-11-20 14:43:56
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yxwjimmy

木虫 (正式写手)
37:37:25的分离比是什么意思？怎么是3种表型呢？
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8楼2013-11-20 21:32:25
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sun_in_night

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by bobby7513 at 2013-11-19 18:43:56
sorry，我说的应该是col 和ler的生态型，要是突变体反倒会好做了，f2的分离比表型共线性，为了继续往下做，而划定的，目的是为表型检测...

我说一下我的理解吧：你把Col的mutant和ler的WT杂交，然后他们的F2代你得到37:37:25的分离比？这个怎么来的？不是应该是3:1吗？
你说的表型和基因型对不上是什么意思？表型是你的mutant的吧，但基因型是什么？你不是在做mapping吗，你怎么能确定mutant的基因型？好混乱
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9楼2013-11-20 22:32:39
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bobby7513

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by sun_in_night at 2013-11-20 22:32:39
我说一下我的理解吧：你把Col的mutant和ler的WT杂交，然后他们的F2代你得到37:37:25的分离比？这个怎么来的？不是应该是3:1吗？
你说的表型和基因型对不上是什么意思？表型是你的mutant的吧，但基因型是什么？你不 ...

是col和Ler两个生态型直接杂交（在一定压力下有显著差异），F2代表现为共显性，即有像Col 的，有像ler 的，也有介于中间的，他们的比例是我说的那个比例，应该是数量性状，所以没有3:1（这也是所有问题的症结所在），问题的问题在于，当利用我的筛选压力确定F2表型，锁定基因时，根据大多数line的表型，基于sslP，确定了基因在一定距离，他们的基因型为A或Aa或a时，表型和他们一致，但剩下的line其所拥有的表型和基因型有时完全相反，如基因型为A，但他的表型为a，这些为数也不少，所以我就不知道怎么继续往下做了
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10楼2013-11-21 22:53:39
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