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bobby7513

新虫 (小有名气)

[求助] 关于拟南芥mapping遇到的很严重的问题

是这样的,实验室用两个拟南芥自然突变体,在一定压力下有很明显的表型差别,杂交F1是显性,F2分离比是37:37:25,然后继续往下做,定位到一定区间后,测基因型显示,部分表型和基因型对不上,其他多数都一致(正是用这些定位的),问题来了,不敢再往下做了,不知道大家能不能分析下,为何在定位到一定区间后,F2表型基因型不一致?如何继续往下做?谢谢你了。
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nasi

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
bobby7513: 金币+3 2013-10-23 03:44:08
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-23 08:31:41
也许是你所找的定位区间不是真正的位置。也许是多位点控制的表型。再或者表型鉴定不够准确。请问是用连锁分析的方法做的,什么标记类型,标记密度多少?
3楼2013-10-20 23:11:12
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sun_in_night

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-22 16:40:20
不是很懂你的意思,一般做拟南芥mapping不是都是Col和lan杂交吗?你怎么拿两个mutant杂交做mapping?而且这个37:37:25的分离比是什么意思?
6楼2013-11-16 03:20:07
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普通回帖

steler_ly

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不能回答你的问题。 但是,依据你讲的,有没可能与表观遗传学有关。
2楼2013-10-20 18:41:03
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bobby7513

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by nasi at 2013-10-20 23:11:12
也许是你所找的定位区间不是真正的位置。也许是多位点控制的表型。再或者表型鉴定不够准确。请问是用连锁分析的方法做的,什么标记类型,标记密度多少?

现在怀疑是多位点的,表型肯定有一定出入,但都是尽量客观评价的,基本符合3:1的,用的sslp,会不会是其他基因的干扰,应该怎么验证呢?
4楼2013-10-23 03:46:43
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bobby7513

新虫 (小有名气)

顶一下……
5楼2013-11-16 00:27:38
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bobby7513

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by sun_in_night at 2013-11-16 03:20:07
不是很懂你的意思,一般做拟南芥mapping不是都是Col和lan杂交吗?你怎么拿两个mutant杂交做mapping?而且这个37:37:25的分离比是什么意思?

sorry,我说的应该是col 和ler的生态型,要是突变体反倒会好做了,f2的分离比表型共线性,为了继续往下做,而划定的,目的是为表型检测
7楼2013-11-20 14:43:56
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yxwjimmy

木虫 (正式写手)

37:37:25的分离比是什么意思?怎么是3种表型呢?
8楼2013-11-20 21:32:25
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sun_in_night

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by bobby7513 at 2013-11-19 18:43:56
sorry,我说的应该是col 和ler的生态型,要是突变体反倒会好做了,f2的分离比表型共线性,为了继续往下做,而划定的,目的是为表型检测...

我说一下我的理解吧:你把Col的mutant和ler的WT杂交,然后他们的F2代你得到37:37:25的分离比?这个怎么来的?不是应该是3:1吗?
你说的表型和基因型对不上是什么意思?表型是你的mutant的吧,但基因型是什么?你不是在做mapping吗,你怎么能确定mutant的基因型?好混乱
9楼2013-11-20 22:32:39
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bobby7513

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by sun_in_night at 2013-11-20 22:32:39
我说一下我的理解吧:你把Col的mutant和ler的WT杂交,然后他们的F2代你得到37:37:25的分离比?这个怎么来的?不是应该是3:1吗?
你说的表型和基因型对不上是什么意思?表型是你的mutant的吧,但基因型是什么?你不 ...

是col和Ler两个生态型直接杂交(在一定压力下有显著差异),F2代表现为共显性,即有像Col 的,有像ler 的,也有介于中间的,他们的比例是我说的那个比例,应该是数量性状,所以没有3:1(这也是所有问题的症结所在),问题的问题在于,当利用我的筛选压力确定F2表型,锁定基因时,根据大多数line的表型,基于sslP,确定了基因在一定距离,他们的基因型为A或Aa或a时,表型和他们一致,但剩下的line其所拥有的表型和基因型有时完全相反,如基因型为A,但他的表型为a,这些为数也不少,所以我就不知道怎么继续往下做了
10楼2013-11-21 22:53:39
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