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liucaifeng

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】诚心请教一个关于拟南芥突变体鉴定的问题已有8人参与

订的SALK库的拟南芥T-DNA插入突变体,DNA水平鉴定有纯合子,但RNA水平鉴定目的基因却仍能表达,几个Line 都是这样,快郁闷了。不知道大家有碰到过类似情况,可能是什么愿意导致的呢?
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咸鱼

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
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Originally posted by liucaifeng at 2011-04-07 20:36:30:
订的SALK库的拟南芥T-DNA插入突变体,DNA水平鉴定有纯合子,但RNA水平鉴定目的基因却仍能表达,几个Line 都是这样,快郁闷了。不知道大家有碰到过类似情况,可能是什么愿意导致的呢?

RNA水平鉴定就是做RT或者NOrthern吧,这样的话你选择做PCR的那一段引物或Northern的那一段探针是T-DNA插入之前还是之后的序列?
2楼2011-04-10 13:06:53
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liucaifeng

金虫 (小有名气)

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Originally posted by 咸鱼 at 2011-04-10 13:06:53:
RNA水平鉴定就是做RT或者NOrthern吧,这样的话你选择做PCR的那一段引物或Northern的那一段探针是T-DNA插入之前还是之后的序列?

做RT,PCR引物设计的还是跨T-DNA的,按理说不该P出来的,可就是能P吃条带来,测序结果也表明的确是目的条带
3楼2011-04-11 10:11:45
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咸鱼

金虫 (小有名气)


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Originally posted by liucaifeng at 2011-04-11 10:11:45:
做RT,PCR引物设计的还是跨T-DNA的,按理说不该P出来的,可就是能P吃条带来,测序结果也表明的确是目的条带

那是不是DNA检测出了什么差错?
4楼2011-04-12 19:52:25
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webmasterone752

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也碰到过啊。插入位置可能在启动子区域吧
5楼2011-04-15 21:26:07
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叶寻

捐助贵宾 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★ ★
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jhu132llh(金币+5): 首贴奖励 2011-11-01 15:27:56
不知道楼主的问题解决了没有,我最近也被这个问题困扰了。我的突变体T-DNA插入在启动子后,基因的mRNA一共800多bp,我设计的引物也跨越了T-DNA插入区域,扩增了475bp的片段,结果突变体的CDNA还是能扩出来被插入的基因……不知道接下来该怎么办呀
6楼2011-10-30 23:36:21
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xiemin217

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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jhu132llh(金币+2): good,感谢积极应助 2011-11-01 15:28:49
其实,这个问题很正常,见到的人很多,原因不清楚,买突变体的时候要多把所有的基因的LINE全买了就好了,要是都这样的话,恭喜你了,做RNAi吧。
7楼2011-10-31 10:48:57
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liucaifeng

金虫 (小有名气)

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7楼: Originally posted by xiemin217 at 2011-10-31 10:48:57:
其实,这个问题很正常,见到的人很多,原因不清楚,买突变体的时候要多把所有的基因的LINE全买了就好了,要是都这样的话,恭喜你了,做RNAi吧。

我基本上把全部能订的line都订了鉴定,不管插外显子还是内含子上的,结果都是这种情况,问过好多人都没见过这种情况,甚至都不相信。你真的也碰到够这种情况吗,是不是与基因有关呢?
8楼2011-10-31 19:26:49
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xiemin217

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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jhu132llh(金币+2): good,感谢积极应助 2011-11-01 15:28:15
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8楼: Originally posted by liucaifeng at 2011-10-31 19:26:49:
我基本上把全部能订的line都订了鉴定,不管插外显子还是内含子上的,结果都是这种情况,问过好多人都没见过这种情况,甚至都不相信。你真的也碰到够这种情况吗,是不是与基因有关呢?

我自己就碰过呀,我问过北清中,他们都有见过,国外也是,这个不好办,你用纯和和杂合都做个鉴定看下,如果看表型的话就先验证下表型,可以的话先做下去,再做RNAi了。
9楼2011-11-01 10:13:58
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liucaifeng

金虫 (小有名气)

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9楼: Originally posted by xiemin217 at 2011-11-01 10:13:58:
我自己就碰过呀,我问过北清中,他们都有见过,国外也是,这个不好办,你用纯和和杂合都做个鉴定看下,如果看表型的话就先验证下表型,可以的话先做下去,再做RNAi了。

好的,非常感谢!
10楼2011-11-04 20:07:05
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