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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】诚心请教一个关于拟南芥突变体鉴定的问题
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liucaifeng

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】诚心请教一个关于拟南芥突变体鉴定的问题 已有8人参与

订的SALK库的拟南芥T-DNA插入突变体，DNA水平鉴定有纯合子，但RNA水平鉴定目的基因却仍能表达，几个Line 都是这样，快郁闷了。不知道大家有碰到过类似情况，可能是什么愿意导致的呢？
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1楼 2011-04-07 20:36:30
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咸鱼

金虫 (小有名气)
★
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Originally posted by liucaifeng at 2011-04-07 20:36:30:
订的SALK库的拟南芥T-DNA插入突变体，DNA水平鉴定有纯合子，但RNA水平鉴定目的基因却仍能表达，几个Line 都是这样，快郁闷了。不知道大家有碰到过类似情况，可能是什么愿意导致的呢？

RNA水平鉴定就是做RT或者NOrthern吧，这样的话你选择做PCR的那一段引物或Northern的那一段探针是T-DNA插入之前还是之后的序列？
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2楼2011-04-10 13:06:53
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liucaifeng

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 咸鱼 at 2011-04-10 13:06:53:
RNA水平鉴定就是做RT或者NOrthern吧，这样的话你选择做PCR的那一段引物或Northern的那一段探针是T-DNA插入之前还是之后的序列？

做RT，PCR引物设计的还是跨T-DNA的，按理说不该P出来的，可就是能P吃条带来，测序结果也表明的确是目的条带
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3楼2011-04-11 10:11:45
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咸鱼

金虫 (小有名气)
★
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Originally posted by liucaifeng at 2011-04-11 10:11:45:
做RT，PCR引物设计的还是跨T-DNA的，按理说不该P出来的，可就是能P吃条带来，测序结果也表明的确是目的条带

那是不是DNA检测出了什么差错？
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4楼2011-04-12 19:52:25
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webmasterone752

金虫 (正式写手)
★
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我也碰到过啊。插入位置可能在启动子区域吧
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5楼2011-04-15 21:26:07
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叶寻

捐助贵宾 (初入文坛)
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jhu132llh(金币+5): 首贴奖励 2011-11-01 15:27:56
不知道楼主的问题解决了没有，我最近也被这个问题困扰了。我的突变体T-DNA插入在启动子后，基因的mRNA一共800多bp，我设计的引物也跨越了T-DNA插入区域，扩增了475bp的片段，结果突变体的CDNA还是能扩出来被插入的基因……不知道接下来该怎么办呀
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6楼2011-10-30 23:36:21
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xiemin217

木虫 (正式写手)
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jhu132llh(金币+2): good,感谢积极应助 2011-11-01 15:28:49
其实，这个问题很正常，见到的人很多，原因不清楚，买突变体的时候要多把所有的基因的LINE全买了就好了，要是都这样的话，恭喜你了，做RNAi吧。
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7楼2011-10-31 10:48:57
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liucaifeng

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiemin217 at 2011-10-31 10:48:57:
其实，这个问题很正常，见到的人很多，原因不清楚，买突变体的时候要多把所有的基因的LINE全买了就好了，要是都这样的话，恭喜你了，做RNAi吧。

我基本上把全部能订的line都订了鉴定，不管插外显子还是内含子上的，结果都是这种情况，问过好多人都没见过这种情况，甚至都不相信。你真的也碰到够这种情况吗，是不是与基因有关呢？
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8楼2011-10-31 19:26:49
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xiemin217

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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jhu132llh(金币+2): good,感谢积极应助 2011-11-01 15:28:15
引用回帖:
8楼: Originally posted by liucaifeng at 2011-10-31 19:26:49:
我基本上把全部能订的line都订了鉴定，不管插外显子还是内含子上的，结果都是这种情况，问过好多人都没见过这种情况，甚至都不相信。你真的也碰到够这种情况吗，是不是与基因有关呢？

我自己就碰过呀，我问过北清中，他们都有见过，国外也是，这个不好办，你用纯和和杂合都做个鉴定看下，如果看表型的话就先验证下表型，可以的话先做下去，再做RNAi了。
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9楼2011-11-01 10:13:58
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liucaifeng

金虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by xiemin217 at 2011-11-01 10:13:58:
我自己就碰过呀，我问过北清中，他们都有见过，国外也是，这个不好办，你用纯和和杂合都做个鉴定看下，如果看表型的话就先验证下表型，可以的话先做下去，再做RNAi了。

好的，非常感谢！
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10楼2011-11-04 20:07:05
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