24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1549  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] 请教蛋白分子晶体结构连接的一个问题,谢谢!! 已有3人参与

我有一个蛋白叫VAV2。我在PDB网站上找到了4个VAV2的真实晶体结构,但是这4个晶体结构都不是完整的VAV2蛋白序列,不是中间一段,就是前端一段,或者是尾端一段。而我要研究的位点正好处于VAV2全蛋白序列的末端7-8个残基那。所以上面4个晶体结构中有一个能覆盖住我的位点,就是尾端的一段73aa的晶体结构。。本来我是准备用这一段晶体结构去做分子模拟的,但是朋友说可以考虑把以上4个晶体结构整合一下,自己将4个段的晶体结构连接成一个完整的蛋白结构。我想问一下,怎么个连接法呢,用分子对接软件连,还是自己手动连接呢??谢谢!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by winterose_ at 2014-07-08 13:00:33
个人认为可行方案如下:
1.如果四个结构中有相当一段残基序列是重复的,依据各段重复序列进行结构Align,根据Align的结果更新四个结构的坐标位置,获得连续的完整蛋白坐标。
2.四个结构中没有重复序列,那只好用同 ...

什么叫同源建模连接呢?
是直接把我这个VAV2蛋白的全序列,丢到建模软件上去建模?
还是,怎么弄,能再说扫尾详细一点吗?谢谢。
6楼2014-07-20 12:38:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

jianchen7882

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhangmao511(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-08 16:40:00
同源模建连接,应该是,分子对接真不能连这个
莫问前程有归,但求今生无悔
2楼2014-07-06 21:29:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhangmao511(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-08 16:40:05
用Modeller做个同源建模就可以了
3楼2014-07-06 22:53:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhangmao511(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流! 2014-07-08 16:40:11
个人认为可行方案如下:
1.如果四个结构中有相当一段残基序列是重复的,依据各段重复序列进行结构Align,根据Align的结果更新四个结构的坐标位置,获得连续的完整蛋白坐标。
2.四个结构中没有重复序列,那只好用同源建模软件模建了,而且如果中间缺失结构的区域很长,模建基本上也非常不靠谱,如果你是要用来跑动力学,还是算了吧。
建议最后整合后的新结构跑个加了restraint的平衡动力学,防止原子坐标或者空间构象不合理。
4楼2014-07-08 13:00:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京化工085600 310分求调剂 +17 0856材料与化工3 2026-04-04 19/950 2026-04-06 23:10 by chenzhimin
[考研] 材料求调剂 +15 一样YWY 2026-04-05 15/750 2026-04-06 22:42 by chenzhimin
[考研] 一志愿华东理工085601材料工程303分求调剂 +6 a1708 2026-04-06 6/300 2026-04-06 22:37 by guanxin1001
[考研] 一志愿哈工大,初试329,求环境科学与工程调剂! +6 余未辛 2026-04-06 6/300 2026-04-06 20:51 by lbsjt
[考研] 318求调剂 +12 ykyhsa 2026-04-05 14/700 2026-04-06 17:46 by fuyu_
[考研] 332求调剂 +17 小小孟... 2026-04-05 18/900 2026-04-06 09:51 by 蓝云思雨
[考研] 085600,320分求调剂 +7 大馋小子 2026-04-01 8/400 2026-04-05 21:19 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +6 cs0106 2026-04-05 6/300 2026-04-05 16:34 by imissbao
[考研] 材料专硕306英一数二 +8 z1z2z3879 2026-03-31 8/400 2026-04-04 22:08 by hemengdong
[考研] 材料调剂 +10 懒羊羊轻置玉臀 2026-04-02 11/550 2026-04-04 21:56 by laoshidan
[考研] 309求调剂 +6 刘刘刘1231 2026-04-02 7/350 2026-04-04 13:41 by liucky
[考研] 265求调剂 +20 梁梁校校 2026-04-01 21/1050 2026-04-04 00:38 by userper
[考研] 求调剂,一志愿北京中医药大学 +3 小小达不溜 2026-04-02 3/150 2026-04-03 22:55 by 冲矢昴星团
[考研] 考研调剂 +3 15615482637 2026-04-03 3/150 2026-04-03 22:50 by ms629
[考研] 材料专硕322分 +13 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 13/650 2026-04-03 16:08 by 哦哦123
[考研] 求调剂 +4 15064154688 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:07 by zrongyan
[考研] 考研调剂 +3 李木子0120 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:45 by dongzh2009
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +9 双马尾痞老板2 2026-04-01 9/450 2026-04-02 12:14 by oooqiao
[考研] 生物学327,求调剂 +5 书上的梅子 2026-04-01 6/300 2026-04-02 06:47 by ilovexiaobin
[考研] 085601英二数二求调剂 总分325 +4 余航航 2026-03-31 4/200 2026-03-31 17:38 by 唐沐儿
信息提示
请填处理意见