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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教蛋白分子晶体结构连接的一个问题，谢谢！！
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] 请教蛋白分子晶体结构连接的一个问题，谢谢！！ 已有3人参与

我有一个蛋白叫VAV2。我在PDB网站上找到了4个VAV2的真实晶体结构，但是这4个晶体结构都不是完整的VAV2蛋白序列，不是中间一段，就是前端一段，或者是尾端一段。而我要研究的位点正好处于VAV2全蛋白序列的末端7-8个残基那。所以上面4个晶体结构中有一个能覆盖住我的位点，就是尾端的一段73aa的晶体结构。。本来我是准备用这一段晶体结构去做分子模拟的，但是朋友说可以考虑把以上4个晶体结构整合一下，自己将4个段的晶体结构连接成一个完整的蛋白结构。我想问一下，怎么个连接法呢，用分子对接软件连，还是自己手动连接呢？？谢谢！！
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1楼 2014-07-06 19:01:05
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jianchen7882

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhangmao511(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:40:00
同源模建连接，应该是，分子对接真不能连这个
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莫问前程有归，但求今生无悔
2楼2014-07-06 21:29:25
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhangmao511(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:40:05
用Modeller做个同源建模就可以了
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3楼2014-07-06 22:53:02
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangmao511(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:40:11
个人认为可行方案如下：
1.如果四个结构中有相当一段残基序列是重复的，依据各段重复序列进行结构Align,根据Align的结果更新四个结构的坐标位置，获得连续的完整蛋白坐标。
2.四个结构中没有重复序列，那只好用同源建模软件模建了，而且如果中间缺失结构的区域很长，模建基本上也非常不靠谱，如果你是要用来跑动力学，还是算了吧。
建议最后整合后的新结构跑个加了restraint的平衡动力学，防止原子坐标或者空间构象不合理。
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4楼2014-07-08 13:00:33
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
什么叫同源建模连接呢？
是直接把我这个VAV2蛋白的全序列，丢到建模软件上去建模？
还是，怎么弄，能再说扫尾详细一点吗？谢谢。。
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5楼2014-07-13 18:09:56
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by winterose_ at 2014-07-08 13:00:33
个人认为可行方案如下：
1.如果四个结构中有相当一段残基序列是重复的，依据各段重复序列进行结构Align,根据Align的结果更新四个结构的坐标位置，获得连续的完整蛋白坐标。
2.四个结构中没有重复序列，那只好用同 ...

什么叫同源建模连接呢？
是直接把我这个VAV2蛋白的全序列，丢到建模软件上去建模？
还是，怎么弄，能再说扫尾详细一点吗？谢谢。
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6楼2014-07-20 12:38:47
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2014-07-06 22:53:02
用Modeller做个同源建模就可以了

什么叫同源建模连接呢？
是直接把我这个VAV2蛋白的全序列，丢到建模软件上去建模？
还是，怎么弄，能再说扫尾详细一点吗？谢谢。
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7楼2014-07-20 12:39:57
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