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哀兵必胜

铜虫 (正式写手)

[交流] 如何根据一个PDB蛋白库里的晶体结构，查看其一级结构序列？谢谢了 已有2人参与

如何根据一个PDB蛋白库里的晶体结构，查看其一级结构序列？谢谢了
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哈哈哈哈
1楼 2013-05-27 11:36:57
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
话说有个 dssp 软件，

推荐参考gromacs 的手册，貌似就用到 g_dssp
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2楼2013-05-27 14:53:20
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yyuan8658

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 赞！ 2013-05-27 16:09:48
N多种办法，
1.最笨的，文本打开晶体结构文件，把所有残基一个一个的拷贝下来，并改成单字母表示，就ok了
2.在www.pdb.org里，找到你的晶体结构，Molecular Description下UniProtKB行的最后一个字符串是序列代码，点击进去就有一级序列了。
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3楼2013-05-27 16:01:28
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哀兵必胜

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yyuan8658 at 2013-05-27 16:01:28
N多种办法，
1.最笨的，文本打开晶体结构文件，把所有残基一个一个的拷贝下来，并改成单字母表示，就ok了
2.在www.pdb.org里，找到你的晶体结构，Molecular Description下UniProtKB行的最后一个字符串是序列代码， ...

谢谢前辈啊
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哈哈哈哈
4楼2013-05-27 16:16:53
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