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哀兵必胜

铜虫 (正式写手)

[交流] 如何根据一个PDB蛋白库里的晶体结构,查看其一级结构序列?谢谢了 已有2人参与

如何根据一个PDB蛋白库里的晶体结构,查看其一级结构序列?谢谢了
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哈哈哈哈
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
话说有个 dssp 软件,

推荐参考gromacs 的手册,貌似就用到 g_dssp
2楼2013-05-27 14:53:20
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 赞! 2013-05-27 16:09:48
N多种办法,
1.最笨的,文本打开晶体结构文件,把所有残基一个一个的拷贝下来,并改成单字母表示,就ok了
2.在www.pdb.org里,找到你的晶体结构,Molecular Description下UniProtKB行的最后一个字符串是序列代码,点击进去就有一级序列了。
3楼2013-05-27 16:01:28
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哀兵必胜

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yyuan8658 at 2013-05-27 16:01:28
N多种办法,
1.最笨的,文本打开晶体结构文件,把所有残基一个一个的拷贝下来,并改成单字母表示,就ok了
2.在www.pdb.org里,找到你的晶体结构,Molecular Description下UniProtKB行的最后一个字符串是序列代码, ...

谢谢前辈啊
哈哈哈哈
4楼2013-05-27 16:16:53
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