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大家对微生物测过全基因组嘛？进来讨论一下吧~ 已有3人参与
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我们团队要对一株菌测全基因组，已经咨询过几家测序公司，不知道选哪一家的，抛开价格的问题，还有什么指标可以作为选择他们测序的依据呢？ |
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happy6
木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
shellyxss(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励回帖交流 2014-06-06 19:15:14
shellyxss: 金币+12, ★★★★★最佳答案 2014-06-07 10:19:48
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shellyxss(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励回帖交流 2014-06-06 19:15:14
shellyxss: 金币+12, ★★★★★最佳答案 2014-06-07 10:19:48
| 对于微生物基因组测序，根据测的的基因组序列的完整与否，所用的测序策略也会不同，可以用Illumina测序平台不同插入片段大小的文库，最后用3730测序补gap；或者用Illumina平台结合Pacbio测序平台，如果要得到全部的基因组序列，即细菌的所有的基因组序列都测出来了，那么就看测出的序列拼接结果正确与否，可以进行后期验证。如果不是完整的序列的话，就可以看一下拼接序列的长度如何，一般用scaffoldN50或者ContigN50的指标进行评估，另外一个指标就是scaffold的数目。我知道的，除了华大，美吉生物、派森诺应该都提供微生物基因组测序服务的，楼主可以多咨询一些公司。对于一株菌的话，除了常规的拼接组装之后，基因注释，基因组全图绘制等，可以做一些同源基因分析、共线性分析等比较基因组学的分析内容，当然这些需要提供参考基因组序列。 |
7楼2014-06-06 16:17:59
2楼2014-06-04 08:59:09
3楼2014-06-04 22:15:53
growlywolf
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4楼2014-06-05 08:40:25
100