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lgs1

木虫 (小有名气)

[求助] 基因组规模代谢网络构建的问题

最近开始做一个链霉菌的基因组规模代谢网络的构建,大致的方法有了一些了解,但是细节上还有很多搞不懂,我这个菌目前只有一个全基因组序列,没有功能注释,我现在就是想和一个相近的菌对比获得相似功能基因的注释(不知道是不是这么个做法),首先怎么获得基因注释就有问题,注释都包含了哪些方面的内容?是怎么导入到excel里面的,需要什么软件吗,问题多多,希望大家能够讲的详细一点,谢谢
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lgs1

木虫 (小有名气)

难道都没人做这个吗
2楼2012-04-02 20:12:11
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jieke0633

金虫 (正式写手)

一路走 一直走

【答案】应助回帖

针对你这个问题,觉得你还需要学很多东西。不知道你现在做到什么程度了?
只见海洋就以为没有陆地的人不过是拙劣的探索者!
3楼2013-04-10 18:00:14
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lgs1

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jieke0633 at 2013-04-10 18:00:14
针对你这个问题,觉得你还需要学很多东西。不知道你现在做到什么程度了?

哥,这是我一年前的帖子了,本来是要做这个课题的,但是自身生物信息的水平有限,再加上老板对电脑一窍不通,所以这个课题就搁置下来了,不过我现在对生信还比较有兴趣,你能给我一些建议吗?我现在在学python
4楼2013-04-11 23:01:27
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jieke0633

金虫 (正式写手)

一路走 一直走

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by lgs1 at 2013-04-11 23:01:27
哥,这是我一年前的帖子了,本来是要做这个课题的,但是自身生物信息的水平有限,再加上老板对电脑一窍不通,所以这个课题就搁置下来了,不过我现在对生信还比较有兴趣,你能给我一些建议吗?我现在在学python...

建模还不能称为生物信息学,因为涉及到的东西少,无非Genome annotation, metabolic reaction (KEGG),文献挖掘,最主要的是有深厚的生化背景,这样模型才有活力。单纯的建模及纯粹数学角度的分析结果都是很干瘪的。
只见海洋就以为没有陆地的人不过是拙劣的探索者!
5楼2013-04-12 12:45:21
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solo7773

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

奔金币来了。我目前接触到的和lz的有点类似,只是我做的更多的是蛋白组
6楼2013-04-18 12:22:27
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