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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 基因组规模代谢网络构建的问题
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lgs1

木虫 (小有名气)

[求助] 基因组规模代谢网络构建的问题

最近开始做一个链霉菌的基因组规模代谢网络的构建，大致的方法有了一些了解，但是细节上还有很多搞不懂，我这个菌目前只有一个全基因组序列，没有功能注释，我现在就是想和一个相近的菌对比获得相似功能基因的注释（不知道是不是这么个做法），首先怎么获得基因注释就有问题，注释都包含了哪些方面的内容？是怎么导入到excel里面的，需要什么软件吗，问题多多，希望大家能够讲的详细一点，谢谢
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1楼 2012-04-01 18:40:24
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lgs1

木虫 (小有名气)
难道都没人做这个吗
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2楼2012-04-02 20:12:11
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jieke0633

金虫 (正式写手)

一路走 一直走

【答案】应助回帖

针对你这个问题，觉得你还需要学很多东西。不知道你现在做到什么程度了？
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只见海洋就以为没有陆地的人不过是拙劣的探索者！
3楼2013-04-10 18:00:14
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lgs1

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jieke0633 at 2013-04-10 18:00:14
针对你这个问题，觉得你还需要学很多东西。不知道你现在做到什么程度了？

哥，这是我一年前的帖子了，本来是要做这个课题的，但是自身生物信息的水平有限，再加上老板对电脑一窍不通，所以这个课题就搁置下来了，不过我现在对生信还比较有兴趣，你能给我一些建议吗？我现在在学python
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4楼2013-04-11 23:01:27
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jieke0633

金虫 (正式写手)

一路走 一直走

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by lgs1 at 2013-04-11 23:01:27
哥，这是我一年前的帖子了，本来是要做这个课题的，但是自身生物信息的水平有限，再加上老板对电脑一窍不通，所以这个课题就搁置下来了，不过我现在对生信还比较有兴趣，你能给我一些建议吗？我现在在学python...

建模还不能称为生物信息学，因为涉及到的东西少，无非Genome annotation， metabolic reaction (KEGG)，文献挖掘，最主要的是有深厚的生化背景，这样模型才有活力。单纯的建模及纯粹数学角度的分析结果都是很干瘪的。
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只见海洋就以为没有陆地的人不过是拙劣的探索者！
5楼2013-04-12 12:45:21
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solo7773

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

奔金币来了。我目前接触到的和lz的有点类似，只是我做的更多的是蛋白组
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6楼2013-04-18 12:22:27
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