| 查看: 1924 | 回复: 11 | ||
[求助]
大家对微生物测过全基因组嘛？进来讨论一下吧~ 已有3人参与
|
我们团队要对一株菌测全基因组，已经咨询过几家测序公司，不知道选哪一家的，抛开价格的问题，还有什么指标可以作为选择他们测序的依据呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有127人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 提取肉中微生物基因组用什么方法好？用试剂盒的话，什么试剂盒好？
已经有3人回复
- <已截止>遗传，微生物，生物信息，基因组方向接收硕士调剂
已经有36人回复
- 细菌基因组提取
已经有4人回复
- 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段？
已经有11人回复
- 谁买过细菌基因组DNA大量提取的试剂盒？（最好一次能提取50ml菌液的）
已经有4人回复
- 怎样分析基因组序列？
已经有7人回复
- 细菌全基因组测序
已经有5人回复
- 微生物功能基因组学
已经有204人回复
- 用试剂盒提细菌基因组 有个菌提不出来~~求解
已经有5人回复
- 如何知道一种真菌的全基因组已经测序完成？
已经有3人回复
- 细菌基因组的部分酶切
已经有16人回复
- 提取植物组织中的微生物基因组
已经有4人回复
- 基因组规模代谢网络构建的问题
已经有5人回复
- 一个关于全基因组测序的问题
已经有6人回复
- 基因组文库-----genomic library
已经有11人回复
- 细菌基因组DNA的纯化方法？
已经有5人回复
- 请教一个全基因组（全蛋白质组）和完全基因组（完全蛋白质组）之间的差别？
已经有8人回复
- 宏基因组末端随机测序研究环境微生物多样性基本原理？
已经有7人回复
- 【求助/交流】求助 Erwinia chrysanthemi 的全基因组序列！！！
已经有3人回复
2楼2014-06-04 08:59:09
3楼2014-06-04 22:15:53
growlywolf
金虫 (小有名气)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 3099
- 散金: 1111
- 红花: 10
- 帖子: 240
- 在线: 88.3小时
- 虫号: 2454017
- 注册: 2013-05-08
- 专业: 生物信息学
4楼2014-06-05 08:40:25
5楼2014-06-05 08:53:37
6楼2014-06-05 08:53:51
happy6
木虫 (著名写手)
- 应助: 22 (小学生)
- 金币: 2422.5
- 红花: 9
- 帖子: 1287
- 在线: 227.9小时
- 虫号: 726272
- 注册: 2009-03-19
- 性别: MM
- 专业: 水产生物遗传育种学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shellyxss(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励回帖交流 2014-06-06 19:15:14
shellyxss: 金币+12, ★★★★★最佳答案 2014-06-07 10:19:48
感谢参与，应助指数 +1
shellyxss(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励回帖交流 2014-06-06 19:15:14
shellyxss: 金币+12, ★★★★★最佳答案 2014-06-07 10:19:48
| 对于微生物基因组测序，根据测的的基因组序列的完整与否，所用的测序策略也会不同，可以用Illumina测序平台不同插入片段大小的文库，最后用3730测序补gap；或者用Illumina平台结合Pacbio测序平台，如果要得到全部的基因组序列，即细菌的所有的基因组序列都测出来了，那么就看测出的序列拼接结果正确与否，可以进行后期验证。如果不是完整的序列的话，就可以看一下拼接序列的长度如何，一般用scaffoldN50或者ContigN50的指标进行评估，另外一个指标就是scaffold的数目。我知道的，除了华大，美吉生物、派森诺应该都提供微生物基因组测序服务的，楼主可以多咨询一些公司。对于一株菌的话，除了常规的拼接组装之后，基因注释，基因组全图绘制等，可以做一些同源基因分析、共线性分析等比较基因组学的分析内容，当然这些需要提供参考基因组序列。 |
7楼2014-06-06 16:17:59
8楼2014-06-07 10:19:55
15994135778
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1712.8
- 散金: 254
- 红花: 1
- 帖子: 319
- 在线: 62小时
- 虫号: 1739180
- 注册: 2012-04-06
- 专业: 元素有机化学
9楼2014-06-07 10:32:06
10楼2014-06-07 11:51:30
5