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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求助：组氨酸质子化状态的问题
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)

[求助] 求助：组氨酸质子化状态的问题已有2人参与

本人现在打算跑分子动力学，需要确定蛋白大分子中组氨酸质子化状态，一遍更改为相应的残基名，请问各位大神，怎样才能确定这些组氨酸的质子化状态呢？请大家不吝赐教，非常感谢大家的帮忙
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1楼2014-05-17 10:42:55
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fanghongmei: 金币+3, ★有帮助 2014-05-18 14:43:13
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:54:07
可以用H++算一下，或者通常的查一下pH对应的质子化状态。

[ 发自小木虫客户端 ]
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
2楼2014-05-17 12:34:35
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamthinking at 2014-05-17 12:34:35
可以用H++算一下，或者通常的查一下pH对应的质子化状态。

您好，请问要在哪儿查pH对应的质子化状态，第一次做这样的例子，真的不知道该如何下手，非常感谢您的回复
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3楼2014-05-17 14:33:32
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:54:12
引用回帖:
3楼: Originally posted by fanghongmei at 2014-05-17 14:33:32
您好，请问要在哪儿查pH对应的质子化状态，第一次做这样的例子，真的不知道该如何下手，非常感谢您的回复...

一般状况下也就是把HIS 改成HIP，HIE等，粗略的实际上对pH不敏感，质子化（酸性环境）的HIP，amber里面默认会改成HIE
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
4楼2014-05-17 17:14:34
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aa7899379

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fanghongmei: 金币+3, ★有帮助 2014-05-18 14:40:32
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:54:15
http://biophysics.cs.vt.edu/
上面这个网站可以计算氨基酸残基质子化状态；具体操作参见FAQs
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5楼2014-05-18 11:35:58
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by aa7899379 at 2014-05-18 11:35:58
http://biophysics.cs.vt.edu/
上面这个网站可以计算氨基酸残基质子化状态；具体操作参见FAQs

非常感谢您的回复
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6楼2014-05-18 14:40:06
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by iamthinking at 2014-05-17 17:14:34
一般状况下也就是把HIS 改成HIP，HIE等，粗略的实际上对pH不敏感，质子化（酸性环境）的HIP，amber里面默认会改成HIE...

虽然还是不是很明白，但依然感谢您的帮忙
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7楼2014-05-18 14:42:57
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