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fanghongmei

金虫 (初入文坛)

[求助] 求助:组氨酸质子化状态的问题 已有2人参与

本人现在打算跑分子动力学,需要确定蛋白大分子中组氨酸质子化状态,一遍更改为相应的残基名,请问各位大神,怎样才能确定这些组氨酸的质子化状态呢?请大家不吝赐教,非常感谢大家的帮忙
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by iamthinking at 2014-05-17 17:14:34
一般状况下也就是把HIS 改成HIP,HIE等,粗略的实际上对pH不敏感,质子化(酸性环境)的HIP,amber里面默认会改成HIE...

虽然还是不是很明白,但依然感谢您的帮忙
7楼2014-05-18 14:42:57
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fanghongmei: 金币+3, 有帮助 2014-05-18 14:43:13
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-05-30 18:54:07
可以用H++算一下,或者通常的查一下pH对应的质子化状态。

[ 发自小木虫客户端 ]
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
2楼2014-05-17 12:34:35
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by iamthinking at 2014-05-17 12:34:35
可以用H++算一下,或者通常的查一下pH对应的质子化状态。

您好,请问要在哪儿查pH对应的质子化状态,第一次做这样的例子,真的不知道该如何下手,非常感谢您的回复
3楼2014-05-17 14:33:32
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-05-30 18:54:12
引用回帖:
3楼: Originally posted by fanghongmei at 2014-05-17 14:33:32
您好,请问要在哪儿查pH对应的质子化状态,第一次做这样的例子,真的不知道该如何下手,非常感谢您的回复...

一般状况下也就是把HIS 改成HIP,HIE等,粗略的实际上对pH不敏感,质子化(酸性环境)的HIP,amber里面默认会改成HIE
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
4楼2014-05-17 17:14:34
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