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【请教】质子化的水加氢【非常感谢】
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解晶体和发文章时，一般中性水中的H可以不加，或者通过差值傅立叶加氢，但是由于涉及到价态平衡，我的一个水必须通过质子化来解释，且编辑要求指出四个水中哪一个被质子化了。。。。。 请问这种情况该怎么解决呢？有哪位高人遇到过水质子化的情况吗？请问是怎么解决的？？很感激~~~~ |
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2楼2010-12-15 08:44:52
3楼2010-12-15 08:54:17
4楼2010-12-15 09:29:59
帝夫(金币+5):你的建议很好！ 2010-12-15 09:56:31
帝夫(金币+5):感谢回帖交流！ 2010-12-15 09:56:44
帝夫(金币+5):感谢回帖交流！ 2010-12-15 09:56:44
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要确定哪个被质子化了应该很难吧 如果你的数据不是特好 加氢：如果你的水是配位的 可以直接用加C上氢的方式+固定长度 hfix 137 0.85 O1 如果是游离的 如果你能找到一个或两个氢， 例如两个 可以将这两个H的SFAC number改成C的SFAC 然后用 hfix 23 0.85 O1 这样就产生了4个氢 改回原来两个的SFAC number 然后看看哪三个有合理的氢键 删除第四个 上面两个例子 最后最好都删除位置上的固定 限制键长 键角 然后refine到合理的位置 我也不知道这样是否合理 欢迎大家积极讨论 |
5楼2010-12-15 09:46:15
6楼2010-12-15 11:00:51
7楼2010-12-15 16:21:22