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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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[交流] 【请教】质子化的水加氢【非常感谢】

解晶体和发文章时,一般中性水中的H可以不加,或者通过差值傅立叶加氢,但是由于涉及到价态平衡,我的一个水必须通过质子化来解释,且编辑要求指出四个水中哪一个被质子化了。。。。。
请问这种情况该怎么解决呢?有哪位高人遇到过水质子化的情况吗?请问是怎么解决的??很感激~~~~
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2009210721

铜虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by 2009210721 at 2010-12-15 09:29:59:
我也遇到了这样的问题哦

刚遇到这问题,也在解决中~~
6楼2010-12-15 11:00:51
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查看全部 7 个回答

hardy2709

木虫 (小有名气)


帝夫(金币+1):我发的也不高!! 2010-12-15 09:57:42
帝夫(金币+1):感谢回帖交流! 2010-12-15 09:58:29
看来我发的文章档次还是不够
3楼2010-12-15 08:54:17
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2009210721

铜虫 (著名写手)


帝夫(金币+1):你是怎么解决的呢?? 2010-12-15 09:57:13
帝夫(金币+1):感谢回帖交流! 2010-12-15 09:57:27
我也遇到了这样的问题哦
4楼2010-12-15 09:29:59
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帝夫(金币+5):你的建议很好! 2010-12-15 09:56:31
帝夫(金币+5):感谢回帖交流! 2010-12-15 09:56:44
要确定哪个被质子化了应该很难吧 如果你的数据不是特好
加氢:如果你的水是配位的 可以直接用加C上氢的方式+固定长度
hfix 137 0.85 O1
如果是游离的 如果你能找到一个或两个氢, 例如两个
可以将这两个H的SFAC number改成C的SFAC 然后用
hfix 23 0.85 O1
这样就产生了4个氢 改回原来两个的SFAC number 然后看看哪三个有合理的氢键 删除第四个
上面两个例子 最后最好都删除位置上的固定
限制键长 键角 然后refine到合理的位置
我也不知道这样是否合理
欢迎大家积极讨论
5楼2010-12-15 09:46:15
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