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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » B类错误420及游离水加氢问题
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

[交流] B类错误420及游离水加氢问题

问题；
1、我如何用.lst中的信息重新换坐标精修呢？
Alternative approximate positions for H attached to O1:
   0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706      0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   这个如何换，具体点吧。谢谢。

2、420的B类错误如何解决呢？我搞了快两天了，很纠结。我用的是wingx-maps-calcu-OH计算加游离水的氢的，最好的结果，就是检查后，只有4个420B类错误。请高手指点。投非晶体学报是否可以不管了呢？谢谢。

３、精修加氢是以.lst中的为第一解决，还是用wingx的计算为第一呢？即，哪个优先呢？谢谢。

4、如果实在加不了，如果上面两种办法都不行，也可以不加氢，在文章中给以适当的说明即可；此外，用Platon中的Squeeze功能去掉溶剂水对整个结构精修的贡献。最后再根据计算结果把所缺少的电子个数加入到cif文件中(Fooo)，相应把分子式、分子量都要做相应的改变, 文章中精修部分也要给以适当的说明。
这个具体如何做呢？谢谢。


请具体指点，不要说什么发您邮箱里看看的话，我是来学习的。
授人与鱼，不若授人与渔。

这是精修后.lst文件中的信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

  0.85         2.37         2.706(6)     104.3        O1-H1B...O3_$1
  0.85         2.23         2.739(6)     118.4        O1-H1A...O4
  0.85         2.26         2.914(8)     134.1        O2-H2B...N4
** No suitable H-bond found for O2...N5_$2 = 2.981(8) A **
  0.85         2.14         2.873(7)     144.0        O3-H3B...O4
  0.85         2.12         2.754(8)     130.9        O4-H4B...O5
  0.85         2.24         2.758(7)     119.0        O4-H4A...O2
** No suitable H-bond found for O5...O4 = 2.754(8) A **
  0.85         2.73         2.953(8)     96.8         O5-H5A...N4_$3


Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O1-H1A         0.850    2.231   118.39    2.739    O4

O1-H1B         0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O1:
   0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706      0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2A         0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
   0.3266  0.1252  0.3759  O..O4   2.758   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2B         0.850    2.258   134.07    2.914    N4

O3-H3A         0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3:
   0.4479 -0.0741  0.5823  O..O1 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3B         0.850    2.141   144.00    2.873    O4

O4-H4A         0.850    2.244   118.95    2.758    O2

O4-H4B         0.850    2.121   130.88    2.754    O5

O5-H5A         0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O5:
   0.3537 -0.0560  0.2584  O..O4   2.754   ------------------------------------------------------------------------------

O5-H5B         0.850    2.351   130.02    2.970    N5




[ Last edited by wzgynkmlhf on 2011-8-22 at 08:48 ]
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1楼 2011-08-22 08:29:32
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
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lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 09:17:04
游离水能否用傅里叶加氢，万一加不了就用理论加氢
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3楼2011-08-22 09:02:40
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454106649

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
游离水的氢实在加不上就不加了！
O2 O5 氢键做的也不对
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5楼2011-08-22 09:41:08
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
希望来点具体的有效的回复
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6楼2011-08-22 09:59:34
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yzgdwjh

木虫 (正式写手)
★ ★
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wzgynkmlhf(金币+30): 晶体学杂志，指的是晶体学联合会的那些杂志吗？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 14:30:43
这种问题很难说得清楚，只能给个大致的方向：一般我是用xp加氢的，加氢更多的主观因素（单晶衍射一般很难确定溶剂氢的位置，提高信噪比也无济于事），两个原子距离合适就可以加氢，然后再整体权衡哪个是给体受体，都找完了再加restraints一起精修氢原子的位置，这样一般都可以自圆其说，但如果有无序情况存在，420错误一般很难避免，如果不是发晶体学杂志，应该不是什么大问题。
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7楼2011-08-22 13:43:04
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文言文

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
你把你的数据发到danwenyan_2005@163.com,我帮你看看是否可以解决。
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8楼2011-08-22 14:03:01
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454106649

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+50): 发你QQ ，帮我解决一下。SOS。 2011-08-22 15:04:47
引用回帖:
7楼: Originally posted by yzgdwjh at 2011-08-22 13:43:04:
这种问题很难说得清楚，只能给个大致的方向：一般我是用xp加氢的，加氢更多的主观因素（单晶衍射一般很难确定溶剂氢的位置，提高信噪比也无济于事），两个原子距离合适就可以加氢，然后再整体权衡哪个是给体受体， ...

同意你的说法，
XP加氢，然后再去描述氢键。。。。。。
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9楼2011-08-22 14:08:12
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 文言文 at 2011-08-22 14:03:01:
你把你的数据发到danwenyan_2005@163.com,我帮你看看是否可以解决。

谢谢，已经说了不留邮箱的。
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10楼2011-08-22 14:56:28
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 454106649 at 2011-08-22 14:08:12:
同意你的说法，
XP加氢，然后再去描述氢键。。。。。。

感觉真的无奈。这个我难道米有做？
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11楼2011-08-22 14:56:55
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sunjing120

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流! 2011-08-22 15:20:08
wzgynkmlhf(金币+1): 是用spueeze命令吗？详细点行不？ 2011-08-22 20:33:01
如果你不是投晶体学报，不要过多地讨论晶体的结构，可以PWT用软件把溶剂分子去掉
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12楼2011-08-22 15:14:44
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+16): 谢谢您。我试试看。问题越辩越明。总会有个解决的时候。谢谢。 2011-08-22 20:33:51
加H，特别是游离水、NH3等存在时是个费心费力的事，氢键多了，对我们这学解晶体的菜鸟的确是头痛的活。

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

  0.85         2.19         2.946(8)     148.0        O24-H24A...O1_$6
  0.86         2.42         2.712(4)     100.6        N2-H2...O6
  0.85         1.91         2.724(4)     161.8        O17-H17A...O21_$1
  0.89         1.84         2.716(4)     166.2        O17-H17B...O3_$1
  0.85         2.11         2.863(6)     146.9        O19-H19A...O22
  0.86         2.01         2.811(4)     155.1        O19-H19B...O4
  0.84         2.04         2.771(5)     145.9        O21-H21A...O12_$2
  0.85         1.95         2.660(4)     140.8        O21-H21B...O5
  0.86         2.20         3.043(5)     166.4        N5-H5...O15
  0.86         2.42         3.261(5)     167.9        N1-H1...O12_$2
  0.86         2.02         2.842(5)     160.0        N4-H4...O26_$3
  0.86         2.18         2.969(4)     152.0        N3-H3...O21_$1
  0.85         2.02         2.874(4)     179.6        O26-H26A...O11_$4
  0.85         2.36         3.078(5)     142.3        O26-H26B...O15_$1
  0.85         2.54         2.985(5)     113.8        O26-H26B...O9_$4
  0.85         2.16         3.002(13)    172.0        O22-H22A...O25
  0.85         2.16         2.902(10)    146.3        O22-H22B...O23_$5
  0.85         1.70         2.547(12)    176.9        O24-H24B...O25
  0.85         1.87         2.676(10)    156.8        O23-H23D...O24
  0.85         2.48         2.895(8)     111.1        O23-H23E...O1
  0.85         2.46         2.866(8)     110.4        O25-H25A...O6
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13楼2011-08-22 16:08:39
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文言文

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+1): 谢谢回复。人气在。 2011-08-22 20:29:52
你说的很对，可是问题给你解决了才能知道问题出在哪里！我不是高手，呵呵！祝你好运！
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14楼2011-08-22 17:41:22
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chenwen3052楼
2011-08-22 08:42   回复  
wzgynkmlhf(金币+1): 谢谢帮顶。 2011-08-23 17:44:48
yaozhu4楼
2011-08-22 09:11   回复  
wzgynkmlhf(金币+1): 谢谢参与。 2011-08-23 17:44:21
祝福！
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