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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【讨论】晶体解析过程中有关游离水的理论加氢
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fj906

银虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】晶体解析过程中有关游离水的理论加氢 已有6人参与

听说游离水可以理论把氢原子加上去，请问有高手用过这个方法啊？具体怎么操作的？好用不？氢键键角合理不？欢迎大家发表意见
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1楼 2011-01-11 10:44:47
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hjh509

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
把Q值多放点，通过定Q来定H
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111
2楼2011-01-11 11:22:24
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soso800120

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yanhualover(金币+1):谢谢交流 2011-01-12 23:22:47
最好通过Q值来定
Wingx程序包里面有CALC OH可以计算H2O和OH的理论位置 也是根据合适的氢键计算出来的 可以调键长等 如果真的合适就很好计算 而且出来的也很漂亮
可以先计算出来理论位置 然后再对这些氢的位置 进行refine
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3楼2011-01-11 11:51:44
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fj906

银虫 (小有名气)
楼上的 请能否说的详细下？计算出来如何找到我们想要的氢原子？文件该怎么看啊？？
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4楼2011-01-11 14:57:44
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dongyang5028

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by soso800120 at 2011-01-11 11:51:44:
最好通过Q值来定
Wingx程序包里面有CALC OH可以计算H2O和OH的理论位置 也是根据合适的氢键计算出来的 可以调键长等 如果真的合适就很好计算 而且出来的也很漂亮
可以先计算出来理论位置 然后再对这些氢的位置  ...

那具体的步骤怎么走？CACL后的什么文件的那一部分信息有用？怎么用？谢谢
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5楼2011-01-12 11:18:04
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soso800120

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yanhualover(金币+2):谢谢交流 2011-01-12 23:22:56
计算产生hatoms.out 文件
该文件里面包含H原子的信息
只要把这些相应的原则拷贝到res文件中对应的位置去
如果你想要把它们一直固定 然后不要refine了 可以这样
O1 4 0.XXXXX  0.XXXXX  0.XXXXX 11.00  0.05xxxx
afix 3
H1a   2    0.XXXXX  0.XXXXX  0.XXXXX 11.00  -1.5000
H1b   2    0.XXXXX  0.XXXXX  0.XXXXX 11.00  -1.5000
afix 0
##O1原子是先存在的 后面的H1a H1b是计算产生的
将最后的H热参数该为-1.5000
加入afix 3
      afix 0 将H固定到O上
不知对这样的回答可否满意
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6楼2011-01-12 12:42:08
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by soso800120 at 2011-01-12 12:42:08:
计算产生hatoms.out 文件
该文件里面包含H原子的信息
只要把这些相应的原则拷贝到res文件中对应的位置去
如果你想要把它们一直固定 然后不要refine了 可以这样
O1 4 0.XXXXX  0.XXXXX  0.XXXXX 11.00  0.05x ...

说得对！
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7楼2011-01-12 18:14:14
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fj906

银虫 (小有名气)
感谢感谢！！
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8楼2011-01-16 20:34:23
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brillianta

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by soso800120 at 2011-01-12 12:42:08:
计算产生hatoms.out 文件
该文件里面包含H原子的信息
只要把这些相应的原则拷贝到res文件中对应的位置去
如果你想要把它们一直固定 然后不要refine了 可以这样
O1 4 0.XXXXX  0.XXXXX  0.XXXXX 11.00  0.05x ...

请问一下，为什么我在res文件中添加，运行一遍没加上H，后来又放到INS文件中才加上H，这有什么不同和影响？谢谢
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9楼2012-01-10 22:45:14
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