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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】如何对CCDC下载的晶体结构理论加氢
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何对CCDC下载的晶体结构理论加氢已有1人参与

我是做MOF吸附的，从CCDC中下载了MOF-9的cif文件，导入到MS中发现没有加氢。我在小木虫上搜索了一下，好像用Xshell可以理论加氢，我下载了Xshell6.3.1并导入了cif文件，结果发现只显示一个原子，右键Show all atoms也不管用。我又重新从CCDC中导出了res文件，这次看到了一个很乱的结构，键连得乱七八糟的。右键选择加氢，结果加完更乱了。请教熟悉晶体解析的高手们我要怎么做才能正确地为我的结构加上氢啊？有没有加化学键的命令啊？
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Livewithproblem！
1楼2010-10-29 16:34:48
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

云朵爸
gtolv8688(金币+1):谢谢热心回复！ 2010-10-29 21:22:14
帝夫:感谢您的回复！ 2010-10-29 22:24:29
你可以在shextl里面的xshell理论加氢，也可以是用Hfix在INS中加氢，或者XP中加氢，具体加氢方法可以参考晶体结构解析这本书当当网有卖
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2楼2010-10-29 19:28:05
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juzi121

金虫 (正式写手)
gtolv8688(金币+1):谢谢热心回复！ 2010-10-29 21:22:34
帝夫:感谢您的回复！ 2010-10-29 22:24:42
shextl
里面可以加氢的只要不是水上的氢，就可以输入hadd命令，水上通过Q加氢
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简简单单，活在自己幸福的世界里，幸运的是一直有好多的人关心我疼爱我
3楼2010-10-29 19:48:15
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)
帝夫:感谢您的回复！ 2010-10-29 22:25:03
引用回帖:
Originally posted by yunruirui at 2010-10-29 19:28:05:
你可以在shextl里面的xshell理论加氢，也可以是用Hfix在INS中加氢，或者XP中加氢，具体加氢方法可以参考晶体结构解析这本书当当网有卖

那请问我将cif文件导入xshell后只能显示一个原子，这个是什么原因呢？还有可以单独安装xshell吗？还是必须安装shextl，然后再安装Xshell？我刚刚学习这个，很多都不懂啊
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Livewithproblem！
4楼2010-10-29 21:21:51
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今天9088

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by juzi121 at 2010-10-29 19:48:15:
shextl
里面可以加氢的只要不是水上的氢，就可以输入hadd命令，水上通过Q加氢

弱弱的问一下，没有hkl文件加氢也可以在xp中进行？
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从零开始奋斗！
5楼2010-10-29 22:47:21
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by 今天9088 at 2010-10-29 22:47:21:

弱弱的问一下，没有hkl文件加氢也可以在xp中进行？

当然。
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xi2004-emuch@163.com
6楼2010-10-29 22:50:54
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by gtolv8688 at 2010-10-29 21:21:51:


那请问我将cif文件导入xshell后只能显示一个原子，这个是什么原因呢？还有可以单独安装xshell吗？还是必须安装shextl，然后再安装Xshell？我刚刚学习这个，很多都不懂啊

可能有些cif不规范。 所以导入时显示不正确。
你可以把cif上载上来，大家看看。
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xi2004-emuch@163.com
7楼2010-10-29 22:53:36
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今天9088

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2010-10-29 22:50:54:


当然。

谢谢xi老师！直接在shextl里面吗？谢谢！
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从零开始奋斗！
8楼2010-10-29 22:59:15
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
gtolv8688(金币+2):期待您的指导和解答：） 2010-10-30 09:11:53
引用回帖:
Originally posted by 今天9088 at 2010-10-29 22:59:15:

谢谢xi老师！直接在shextl里面吗？谢谢！

xp可以啊。
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xi2004-emuch@163.com
9楼2010-10-30 00:02:43
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gtolv8688

铜虫 (小有名气)
data_CSD_CIF_QINZOC
_audit_creation_date 2001-07-02
_audit_creation_method CSD-ConQuest-V1
_database_code_CSD QINZOC
_chemical_formula_sum 'C82 H144 N6 O32 S20 Tb2'
_symmetry_cell_setting monoclinic
_symmetry_space_group_name_H-M 'C 2/c'
_symmetry_Int_Tables_number 15
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 -x,y,1/2-z
3 1/2+x,1/2+y,z
4 1/2-x,1/2+y,1/2-z
5 -x,-y,-z
6 x,-y,-1/2+z
7 -1/2-x,-1/2-y,-z
8 -1/2+x,-1/2-y,-1/2+z
_cell_length_a 27.0558(8)
_cell_length_b 16.7945(5)
_cell_length_c 28.1386(1)
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 102.086(1)
_cell_angle_gamma 90
_cell_formula_units_Z 4
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_radius_bond
C 0.68
N 0.73
O 0.68
S 1.02
Tb 1.76
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
Tb1 Tb 0.29991(6) 0.23302(8) -0.04538(5)
S1 S 0.4148(4) 0.1327(5) -0.0014(3)
S2 S 0.3046(4) 0.1017(5) -0.1408(3)
S3 S 0.2753(5) 0.0872(7) 0.2082(4)
S4 S 0.0783(5) 0.0298(6) -0.0197(4)
S5 S 0.0942(6) 0.6801(8) 0.0536(5)
S6 S 0.0710(9) 0.9550(13) 0.1623(8)
S7? S 0.058(3) 0.903(4) 0.197(2)
S8 S 0.0625(8) 0.5113(10) 0.1681(7)
S9? S 0.036(3) 0.506(5) 0.207(3)
S10 S 0.1347(6) -0.0419(8) -0.1544(5)
S11? S 0.175(4) -0.049(5) -0.117(3)
S12? S 0.128(2) 0.621(3) -0.110(2)
S13 S 0.0810(9) 0.6503(13) -0.1598(8)
S14 S 0.2923(16) 0.286(2) 0.3505(14)
S15? S 0.2421(14) 0.272(2) 0.3154(12)
O1 O 0.3402(6) 0.2496(9) 0.0358(6)
O2 O 0.2838(7) 0.2344(11) 0.0842(6)
O3 O 0.3005(9) 0.3736(9) -0.0419(7)
O4 O 0.2478(8) 0.3476(11) 0.0063(6)
O5 O 0.3821(7) 0.2767(11) -0.0653(6)
O6 O 0.3149(8) 0.2780(11) -0.1239(6)
O7 O 0.3588(8) 0.1243(11) -0.0305(7)
O8 O 0.2764(8) 0.127(1) -0.1026(6)
O9 O 0.3130(12) 0.0316(16) 0.240(1)
O10 O 0.0453(10) -0.0382(14) -0.0434(8)
O11 O 0.0769(11) 0.6120(16) 0.0196(10)
O12 O 0.0686(16) 0.871(2) 0.1425(13)
O13 O 0.008(2) 0.512(2) 0.1450(16)
O14 O 0.1771(11) -0.0560(15) -0.1789(9)
O15 O 0.119(2) 0.707(3) -0.150(2)
O16 O 0.272(2) 0.355(3) 0.3275(16)
N1 N 0.4780(9) 0.2520(13) 0.2520(9)
N2 N 0.2340(9) 0.7265(17) 0.0061(8)
N3 N 0.5155(15) 0.3149(17) -0.2329(12)
C1 C 0.3268(11) 0.2442(15) 0.0744(9)
C2 C 0.3678(10) 0.2450(15) 0.1227(9)
C3 C 0.3543(12) 0.2446(16) 0.1688(10)
C4 C 0.3912(12) 0.2456(17) 0.2114(10)
C5 C 0.4421(12) 0.2501(16) 0.2047(10)
C6 C 0.4588(10) 0.2498(15) 0.1606(9)
C7 C 0.4188(11) 0.2485(16) 0.1178(9)
C8 C 0.2709(11) 0.3970(16) -0.0164(9)
C9 C 0.2595(11) 0.4840(16) -0.0124(9)
C10 C 0.2239(12) 0.5059(17) 0.0139(10)
C11 C 0.2155(13) 0.590(2) 0.0186(11)
C12 C 0.2431(14) 0.643(2) -0.0032(12)
C13 C 0.2796(14) 0.620(2) -0.0324(11)
C14 C 0.2868(12) 0.5357(18) -0.0351(10)
C15 C 0.3626(13) 0.2834(18) -0.1107(11)
C16 C 0.3966(12) 0.2993(16) -0.1467(11)
C17 C 0.4508(15) 0.310(2) -0.1233(13)
C18 C 0.481(2) 0.318(3) -0.1578(18)
C19 C 0.4617(17) 0.313(2) -0.2043(15)
C20 C 0.4057(16) 0.298(2) -0.2285(13)
C21 C 0.3752(16) 0.291(2) -0.1928(14)
C22 C 0.4509(16) 0.086(2) -0.0430(13)
C23 C 0.4226(15) 0.053(2) 0.0421(12)
C24 C 0.2644(14) 0.1173(18) -0.1992(11)
C25 C 0.3049(12) -0.0055(17) -0.1403(10)
C26 C 0.2783(16) 0.060(2) 0.1469(13)
C27 C 0.2139(15) 0.046(2) 0.2098(12)
C28 C 0.0848(14) 0.018(2) 0.0450(12)
C29 C 0.0384(14) 0.120(2) -0.0259(11)
C30 C 0.0446(16) 0.705(2) 0.0793(13)
C31 C 0.095(2) 0.765(3) 0.0186(15)
C32 C 0.097(3) 0.945(4) 0.226(2)
C33 C 0.009(2) 0.975(3) 0.1727(17)
C34 C 0.0740(17) 0.418(2) 0.2008(13)
C35 C 0.065(2) 0.574(3) 0.2170(17)
C36 C 0.139(2) -0.111(3) -0.1073(16)
C37 C 0.1480(17) 0.049(2) -0.1234(14)
C38 C 0.062(2) 0.646(3) -0.1026(16)
C39? C 0.110(8) 0.595(11) -0.181(6)
C40 C 0.115(3) 0.554(4) -0.153(3)
C41 C 0.243(3) 0.226(4) 0.364(2)
C42? C 0.285(5) 0.222(6) 0.301(4)
C43 C 0.328(3) 0.235(5) 0.317(3)
C44? C 0.352(3) 0.366(4) 0.391(2)
N1A* N 0.5220(9) 0.2520(13) 0.2480(9)
C5A* C 0.5579(12) 0.2501(16) 0.2953(10)
C4A* C 0.6088(12) 0.2456(17) 0.2886(10)
C3A* C 0.6457(12) 0.2446(16) 0.3312(10)
C2A* C 0.6322(10) 0.2450(15) 0.3773(9)
C1A* C 0.6732(11) 0.2442(15) 0.4256(9)
O1A* O 0.6598(6) 0.2496(9) 0.4642(6)
O2A* O 0.7162(7) 0.2344(11) 0.4158(6)
C7A* C 0.5812(11) 0.2485(16) 0.3822(9)
C6A* C 0.5412(10) 0.2498(15) 0.3394(9)
N2F* N 0.2660(9) 0.7735(17) -0.0061(8)
C12F* C 0.2569(14) 0.857(2) 0.0032(12)
C11F* C 0.2845(13) 0.910(2) -0.0186(11)
C10F* C 0.2761(12) 0.9941(17) -0.0139(10)
C9F* C 0.2405(11) 1.0160(16) 0.0124(9)
C8F* C 0.2291(11) 1.1030(16) 0.0164(9)
O3F* O 0.1995(9) 1.1264(9) 0.0419(7)
O4F* O 0.2522(8) 1.1524(11) -0.0063(6)
C14F* C 0.2132(12) 0.9643(18) 0.0351(10)
C13F* C 0.2204(14) 0.880(2) 0.0324(11)
N3A* N 0.4845(15) 0.3149(17) -0.2671(12)
C19A* C 0.5383(17) 0.313(2) -0.2957(15)
C18A* C 0.519(2) 0.318(3) -0.3422(18)
C17A* C 0.5492(15) 0.310(2) -0.3767(13)
C16A* C 0.6034(12) 0.2993(16) -0.3533(11)
C15A* C 0.6374(13) 0.2834(18) -0.3893(11)
O5A* O 0.6179(7) 0.2767(11) -0.4347(6)
O6A* O 0.6851(8) 0.2780(11) -0.3761(6)
C21A* C 0.6248(16) 0.291(2) -0.3072(14)
C20A* C 0.5943(16) 0.298(2) -0.2715(13)
Tb1A* Tb 0.70009(6) 0.23302(8) 0.54538(5)
S1A* S 0.5852(4) 0.1327(5) 0.5014(3)
O7A* O 0.6412(8) 0.1243(11) 0.5305(7)
C22A* C 0.5491(16) 0.086(2) 0.5430(13)
C23A* C 0.5774(15) 0.053(2) 0.4579(12)
S2A* S 0.6954(4) 0.1017(5) 0.6408(3)
O8A* O 0.7236(8) 0.127(1) 0.6026(6)
C24A* C 0.7356(14) 0.1173(18) 0.6992(11)
C25A* C 0.6951(12) -0.0055(17) 0.6403(10)
O2F* O 0.2162(7) 0.2656(11) -0.0842(6)
O4F** O 0.2522(8) 0.1524(11) -0.0063(6)
Tb1F* Tb 0.20009(6) 0.26698(8) 0.04538(5)
Tb1G* Tb 0.79991(6) 0.26698(8) 0.45462(5)
Tb1F** Tb 0.20009(6) 1.26698(8) 0.04538(5)
Tb1* Tb 0.29991(6) 1.23302(8) -0.04538(5)
Tb1A** Tb 0.70009(6) 0.23302(8) -0.45462(5)
O2G* O 0.7838(7) 0.2656(11) 0.5842(6)
O3A* O 0.6995(9) 0.3736(9) 0.5419(7)
O4G* O 0.7478(8) 0.1524(11) 0.5063(6)
O5A** O 0.6179(7) 0.2767(11) 0.5653(6)
O6A** O 0.6851(8) 0.2780(11) 0.6239(6)

这个是从CCDC直接下载下来的，CCDC还会收录有问题的cif文件吗？如果我只有cif文件，如何用xshell的加氢命令或xp加氢呢？xshell的加氢命令和xp有什么区别吗？我现在连文件都导入不进去啊？还有安装xshell是否一定要安装shextl？不好意思，我的问题比较多啊
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2010-10-29 22:53:36:



可能有些cif不规范。 所以导入时显示不正确。
你可以把cif上载上来，大家看看。

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10楼2010-10-30 09:11:19
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