24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

gtolv8688

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1755
散金: 11
红花: 3
帖子: 74
在线: 355.5小时
虫号: 685003
注册: 2008-12-30
性别: GG
专业: 高分子材料结构与性能

[交流] 【求助】如何对CCDC下载的晶体结构理论加氢已有1人参与

我是做MOF吸附的，从CCDC中下载了MOF-9的cif文件，导入到MS中发现没有加氢。我在小木虫上搜索了一下，好像用Xshell可以理论加氢，我下载了Xshell6.3.1并导入了cif文件，结果发现只显示一个原子，右键Show all atoms也不管用。我又重新从CCDC中导出了res文件，这次看到了一个很乱的结构，键连得乱七八糟的。右键选择加氢，结果加完更乱了。请教熟悉晶体解析的高手们我要怎么做才能正确地为我的结构加上氢啊？有没有加化学键的命令啊？

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

有机

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

结构可靠度理论（已搜无重复）已经有98人回复
【本人经验】关于CCDC数据库查询无结果(0 hits)的问题已经有12人回复
求助 cc证书选哪一个已经有5人回复
请教：有机物质分子结构与有机晶体结构的区别已经有8人回复
求有ccdc数据库的筒子帮我下载有机小分子晶体结构已经有13人回复
XP软件理论加氢已经有3人回复
求那位朋友告诉怎么在ccdc中查单晶数据已经有7人回复
加氢循环氢中甲烷含量变化已经有8人回复
2011年汽车类最新驾驶证理论习题下载【已搜索无重复】已经有25人回复
求助，请问哪位高手告诉我CCDC更新问题已经有6人回复
请问下铁素体的晶体结构！！！很急很重要！！！谢谢！！！已经有4人回复
晶体CCDC号申请问题已经有4人回复
请教无序结构的加氢问题已经有3人回复
【求助】如何将CCDC中晶体结构导入MS中已经有10人回复
【分享】如何构建缺陷晶体结构和在 ms中如何做空穴已经有12人回复
【求助】如何在MS中优化由CCDC导出的cif文件？已经有14人回复
【求助】请有CCDC数据库朋友帮忙查下有没有该结构的物质单晶已被发表？谢谢已经有5人回复

Livewithproblem！

1楼2010-10-29 16:34:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gtolv8688

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1755
散金: 11
红花: 3
帖子: 74
在线: 355.5小时
虫号: 685003
注册: 2008-12-30
性别: GG
专业: 高分子材料结构与性能

data_CSD_CIF_QINZOC
_audit_creation_date 2001-07-02
_audit_creation_method CSD-ConQuest-V1
_database_code_CSD QINZOC
_chemical_formula_sum 'C82 H144 N6 O32 S20 Tb2'
_symmetry_cell_setting monoclinic
_symmetry_space_group_name_H-M 'C 2/c'
_symmetry_Int_Tables_number 15
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 -x,y,1/2-z
3 1/2+x,1/2+y,z
4 1/2-x,1/2+y,1/2-z
5 -x,-y,-z
6 x,-y,-1/2+z
7 -1/2-x,-1/2-y,-z
8 -1/2+x,-1/2-y,-1/2+z
_cell_length_a 27.0558(8)
_cell_length_b 16.7945(5)
_cell_length_c 28.1386(1)
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 102.086(1)
_cell_angle_gamma 90
_cell_formula_units_Z 4
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_radius_bond
C 0.68
N 0.73
O 0.68
S 1.02
Tb 1.76
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
Tb1 Tb 0.29991(6) 0.23302(8) -0.04538(5)
S1 S 0.4148(4) 0.1327(5) -0.0014(3)
S2 S 0.3046(4) 0.1017(5) -0.1408(3)
S3 S 0.2753(5) 0.0872(7) 0.2082(4)
S4 S 0.0783(5) 0.0298(6) -0.0197(4)
S5 S 0.0942(6) 0.6801(8) 0.0536(5)
S6 S 0.0710(9) 0.9550(13) 0.1623(8)
S7? S 0.058(3) 0.903(4) 0.197(2)
S8 S 0.0625(8) 0.5113(10) 0.1681(7)
S9? S 0.036(3) 0.506(5) 0.207(3)
S10 S 0.1347(6) -0.0419(8) -0.1544(5)
S11? S 0.175(4) -0.049(5) -0.117(3)
S12? S 0.128(2) 0.621(3) -0.110(2)
S13 S 0.0810(9) 0.6503(13) -0.1598(8)
S14 S 0.2923(16) 0.286(2) 0.3505(14)
S15? S 0.2421(14) 0.272(2) 0.3154(12)
O1 O 0.3402(6) 0.2496(9) 0.0358(6)
O2 O 0.2838(7) 0.2344(11) 0.0842(6)
O3 O 0.3005(9) 0.3736(9) -0.0419(7)
O4 O 0.2478(8) 0.3476(11) 0.0063(6)
O5 O 0.3821(7) 0.2767(11) -0.0653(6)
O6 O 0.3149(8) 0.2780(11) -0.1239(6)
O7 O 0.3588(8) 0.1243(11) -0.0305(7)
O8 O 0.2764(8) 0.127(1) -0.1026(6)
O9 O 0.3130(12) 0.0316(16) 0.240(1)
O10 O 0.0453(10) -0.0382(14) -0.0434(8)
O11 O 0.0769(11) 0.6120(16) 0.0196(10)
O12 O 0.0686(16) 0.871(2) 0.1425(13)
O13 O 0.008(2) 0.512(2) 0.1450(16)
O14 O 0.1771(11) -0.0560(15) -0.1789(9)
O15 O 0.119(2) 0.707(3) -0.150(2)
O16 O 0.272(2) 0.355(3) 0.3275(16)
N1 N 0.4780(9) 0.2520(13) 0.2520(9)
N2 N 0.2340(9) 0.7265(17) 0.0061(8)
N3 N 0.5155(15) 0.3149(17) -0.2329(12)
C1 C 0.3268(11) 0.2442(15) 0.0744(9)
C2 C 0.3678(10) 0.2450(15) 0.1227(9)
C3 C 0.3543(12) 0.2446(16) 0.1688(10)
C4 C 0.3912(12) 0.2456(17) 0.2114(10)
C5 C 0.4421(12) 0.2501(16) 0.2047(10)
C6 C 0.4588(10) 0.2498(15) 0.1606(9)
C7 C 0.4188(11) 0.2485(16) 0.1178(9)
C8 C 0.2709(11) 0.3970(16) -0.0164(9)
C9 C 0.2595(11) 0.4840(16) -0.0124(9)
C10 C 0.2239(12) 0.5059(17) 0.0139(10)
C11 C 0.2155(13) 0.590(2) 0.0186(11)
C12 C 0.2431(14) 0.643(2) -0.0032(12)
C13 C 0.2796(14) 0.620(2) -0.0324(11)
C14 C 0.2868(12) 0.5357(18) -0.0351(10)
C15 C 0.3626(13) 0.2834(18) -0.1107(11)
C16 C 0.3966(12) 0.2993(16) -0.1467(11)
C17 C 0.4508(15) 0.310(2) -0.1233(13)
C18 C 0.481(2) 0.318(3) -0.1578(18)
C19 C 0.4617(17) 0.313(2) -0.2043(15)
C20 C 0.4057(16) 0.298(2) -0.2285(13)
C21 C 0.3752(16) 0.291(2) -0.1928(14)
C22 C 0.4509(16) 0.086(2) -0.0430(13)
C23 C 0.4226(15) 0.053(2) 0.0421(12)
C24 C 0.2644(14) 0.1173(18) -0.1992(11)
C25 C 0.3049(12) -0.0055(17) -0.1403(10)
C26 C 0.2783(16) 0.060(2) 0.1469(13)
C27 C 0.2139(15) 0.046(2) 0.2098(12)
C28 C 0.0848(14) 0.018(2) 0.0450(12)
C29 C 0.0384(14) 0.120(2) -0.0259(11)
C30 C 0.0446(16) 0.705(2) 0.0793(13)
C31 C 0.095(2) 0.765(3) 0.0186(15)
C32 C 0.097(3) 0.945(4) 0.226(2)
C33 C 0.009(2) 0.975(3) 0.1727(17)
C34 C 0.0740(17) 0.418(2) 0.2008(13)
C35 C 0.065(2) 0.574(3) 0.2170(17)
C36 C 0.139(2) -0.111(3) -0.1073(16)
C37 C 0.1480(17) 0.049(2) -0.1234(14)
C38 C 0.062(2) 0.646(3) -0.1026(16)
C39? C 0.110(8) 0.595(11) -0.181(6)
C40 C 0.115(3) 0.554(4) -0.153(3)
C41 C 0.243(3) 0.226(4) 0.364(2)
C42? C 0.285(5) 0.222(6) 0.301(4)
C43 C 0.328(3) 0.235(5) 0.317(3)
C44? C 0.352(3) 0.366(4) 0.391(2)
N1A* N 0.5220(9) 0.2520(13) 0.2480(9)
C5A* C 0.5579(12) 0.2501(16) 0.2953(10)
C4A* C 0.6088(12) 0.2456(17) 0.2886(10)
C3A* C 0.6457(12) 0.2446(16) 0.3312(10)
C2A* C 0.6322(10) 0.2450(15) 0.3773(9)
C1A* C 0.6732(11) 0.2442(15) 0.4256(9)
O1A* O 0.6598(6) 0.2496(9) 0.4642(6)
O2A* O 0.7162(7) 0.2344(11) 0.4158(6)
C7A* C 0.5812(11) 0.2485(16) 0.3822(9)
C6A* C 0.5412(10) 0.2498(15) 0.3394(9)
N2F* N 0.2660(9) 0.7735(17) -0.0061(8)
C12F* C 0.2569(14) 0.857(2) 0.0032(12)
C11F* C 0.2845(13) 0.910(2) -0.0186(11)
C10F* C 0.2761(12) 0.9941(17) -0.0139(10)
C9F* C 0.2405(11) 1.0160(16) 0.0124(9)
C8F* C 0.2291(11) 1.1030(16) 0.0164(9)
O3F* O 0.1995(9) 1.1264(9) 0.0419(7)
O4F* O 0.2522(8) 1.1524(11) -0.0063(6)
C14F* C 0.2132(12) 0.9643(18) 0.0351(10)
C13F* C 0.2204(14) 0.880(2) 0.0324(11)
N3A* N 0.4845(15) 0.3149(17) -0.2671(12)
C19A* C 0.5383(17) 0.313(2) -0.2957(15)
C18A* C 0.519(2) 0.318(3) -0.3422(18)
C17A* C 0.5492(15) 0.310(2) -0.3767(13)
C16A* C 0.6034(12) 0.2993(16) -0.3533(11)
C15A* C 0.6374(13) 0.2834(18) -0.3893(11)
O5A* O 0.6179(7) 0.2767(11) -0.4347(6)
O6A* O 0.6851(8) 0.2780(11) -0.3761(6)
C21A* C 0.6248(16) 0.291(2) -0.3072(14)
C20A* C 0.5943(16) 0.298(2) -0.2715(13)
Tb1A* Tb 0.70009(6) 0.23302(8) 0.54538(5)
S1A* S 0.5852(4) 0.1327(5) 0.5014(3)
O7A* O 0.6412(8) 0.1243(11) 0.5305(7)
C22A* C 0.5491(16) 0.086(2) 0.5430(13)
C23A* C 0.5774(15) 0.053(2) 0.4579(12)
S2A* S 0.6954(4) 0.1017(5) 0.6408(3)
O8A* O 0.7236(8) 0.127(1) 0.6026(6)
C24A* C 0.7356(14) 0.1173(18) 0.6992(11)
C25A* C 0.6951(12) -0.0055(17) 0.6403(10)
O2F* O 0.2162(7) 0.2656(11) -0.0842(6)
O4F** O 0.2522(8) 0.1524(11) -0.0063(6)
Tb1F* Tb 0.20009(6) 0.26698(8) 0.04538(5)
Tb1G* Tb 0.79991(6) 0.26698(8) 0.45462(5)
Tb1F** Tb 0.20009(6) 1.26698(8) 0.04538(5)
Tb1* Tb 0.29991(6) 1.23302(8) -0.04538(5)
Tb1A** Tb 0.70009(6) 0.23302(8) -0.45462(5)
O2G* O 0.7838(7) 0.2656(11) 0.5842(6)
O3A* O 0.6995(9) 0.3736(9) 0.5419(7)
O4G* O 0.7478(8) 0.1524(11) 0.5063(6)
O5A** O 0.6179(7) 0.2767(11) 0.5653(6)
O6A** O 0.6851(8) 0.2780(11) 0.6239(6)

这个是从CCDC直接下载下来的，CCDC还会收录有问题的cif文件吗？如果我只有cif文件，如何用xshell的加氢命令或xp加氢呢？xshell的加氢命令和xp有什么区别吗？我现在连文件都导入不进去啊？还有安装xshell是否一定要安装shextl？不好意思，我的问题比较多啊