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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

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[交流] B类错误420及游离水加氢问题

问题；
1、我如何用.lst中的信息重新换坐标精修呢？
Alternative approximate positions for H attached to O1:
0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   这个如何换，具体点吧。谢谢。

2、420的B类错误如何解决呢？我搞了快两天了，很纠结。我用的是wingx-maps-calcu-OH计算加游离水的氢的，最好的结果，就是检查后，只有4个420B类错误。请高手指点。投非晶体学报是否可以不管了呢？谢谢。

３、精修加氢是以.lst中的为第一解决，还是用wingx的计算为第一呢？即，哪个优先呢？谢谢。

4、如果实在加不了，如果上面两种办法都不行，也可以不加氢，在文章中给以适当的说明即可；此外，用Platon中的Squeeze功能去掉溶剂水对整个结构精修的贡献。最后再根据计算结果把所缺少的电子个数加入到cif文件中(Fooo)，相应把分子式、分子量都要做相应的改变, 文章中精修部分也要给以适当的说明。
这个具体如何做呢？谢谢。

请具体指点，不要说什么发您邮箱里看看的话，我是来学习的。
授人与鱼，不若授人与渔。

这是精修后.lst文件中的信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H       H...A       D...A       <(DHA)

  0.85       2.37       2.706(6)    104.3       O1-H1B...O3_$1
  0.85       2.23       2.739(6)    118.4       O1-H1A...O4
  0.85       2.26       2.914(8)    134.1       O2-H2B...N4
** No suitable H-bond found for O2...N5_$2 = 2.981(8) A **
  0.85       2.14       2.873(7)    144.0       O3-H3B...O4
  0.85       2.12       2.754(8)    130.9       O4-H4B...O5
  0.85       2.24       2.758(7)    119.0       O4-H4A...O2
** No suitable H-bond found for O5...O4 = 2.754(8) A **
  0.85       2.73       2.953(8)    96.8       O5-H5A...N4_$3

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
O1-H1A       0.850 2.231 118.39 2.739 O4

O1-H1B       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O1:
0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
0.3266  0.1252  0.3759  O..O4 2.758   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2B       0.850 2.258 134.07 2.914 N4

O3-H3A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3:
0.4479 -0.0741  0.5823  O..O1 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3B       0.850 2.141 144.00 2.873 O4

O4-H4A       0.850 2.244 118.95 2.758 O2

O4-H4B       0.850 2.121 130.88 2.754 O5

O5-H5A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O5:
0.3537 -0.0560  0.2584  O..O4 2.754   ------------------------------------------------------------------------------

O5-H5B       0.850 2.351 130.02 2.970 N5

[ Last edited by wzgynkmlhf on 2011-8-22 at 08:48 ]

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1楼 2011-08-22 08:29:32

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yzgdwjh

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1667.6
帖子: 465
在线: 49.7小时
虫号: 590229

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+30): 晶体学杂志，指的是晶体学联合会的那些杂志吗？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 14:30:43

这种问题很难说得清楚，只能给个大致的方向：一般我是用xp加氢的，加氢更多的主观因素（单晶衍射一般很难确定溶剂氢的位置，提高信噪比也无济于事），两个原子距离合适就可以加氢，然后再整体权衡哪个是给体受体，都找完了再加restraints一起精修氢原子的位置，这样一般都可以自圆其说，但如果有无序情况存在，420错误一般很难避免，如果不是发晶体学杂志，应该不是什么大问题。