24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 1008.6
帖子: 1263
在线: 507小时
虫号: 352471

[交流] B类错误420及游离水加氢问题

问题；
1、我如何用.lst中的信息重新换坐标精修呢？
Alternative approximate positions for H attached to O1:
0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   这个如何换，具体点吧。谢谢。

2、420的B类错误如何解决呢？我搞了快两天了，很纠结。我用的是wingx-maps-calcu-OH计算加游离水的氢的，最好的结果，就是检查后，只有4个420B类错误。请高手指点。投非晶体学报是否可以不管了呢？谢谢。

３、精修加氢是以.lst中的为第一解决，还是用wingx的计算为第一呢？即，哪个优先呢？谢谢。

4、如果实在加不了，如果上面两种办法都不行，也可以不加氢，在文章中给以适当的说明即可；此外，用Platon中的Squeeze功能去掉溶剂水对整个结构精修的贡献。最后再根据计算结果把所缺少的电子个数加入到cif文件中(Fooo)，相应把分子式、分子量都要做相应的改变, 文章中精修部分也要给以适当的说明。
这个具体如何做呢？谢谢。

请具体指点，不要说什么发您邮箱里看看的话，我是来学习的。
授人与鱼，不若授人与渔。

这是精修后.lst文件中的信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H       H...A       D...A       <(DHA)

  0.85       2.37       2.706(6)    104.3       O1-H1B...O3_$1
  0.85       2.23       2.739(6)    118.4       O1-H1A...O4
  0.85       2.26       2.914(8)    134.1       O2-H2B...N4
** No suitable H-bond found for O2...N5_$2 = 2.981(8) A **
  0.85       2.14       2.873(7)    144.0       O3-H3B...O4
  0.85       2.12       2.754(8)    130.9       O4-H4B...O5
  0.85       2.24       2.758(7)    119.0       O4-H4A...O2
** No suitable H-bond found for O5...O4 = 2.754(8) A **
  0.85       2.73       2.953(8)    96.8       O5-H5A...N4_$3

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
O1-H1A       0.850 2.231 118.39 2.739 O4

O1-H1B       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O1:
0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
0.3266  0.1252  0.3759  O..O4 2.758   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2B       0.850 2.258 134.07 2.914 N4

O3-H3A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3:
0.4479 -0.0741  0.5823  O..O1 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3B       0.850 2.141 144.00 2.873 O4

O4-H4A       0.850 2.244 118.95 2.758 O2

O4-H4B       0.850 2.121 130.88 2.754 O5

O5-H5A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O5:
0.3537 -0.0560  0.2584  O..O4 2.754   ------------------------------------------------------------------------------

O5-H5B       0.850 2.351 130.02 2.970 N5

[ Last edited by wzgynkmlhf on 2011-8-22 at 08:48 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

关于基因构建中开放阅读框架的若干问题已经有7人回复
枯草芽孢杆菌表达的问题已经有8人回复
100金币请高手把H加上，不是游离水的，是普通的H，理论加氢就OK 已经有7人回复
求解DNA浓度测量中的一些问题已经有3人回复
求大侠帮忙解决一个B类错误！！谢谢已经有5人回复
配位水游离水加氢问题精修问题已经有13人回复
石墨烯纳米带 vasp建模边缘如何加氢已经有28人回复
游离水加氢问题已经有5人回复
重金求助解决checkcif错误，主要是晶格水的加氢已经有10人回复
几个A类错误及游离水加氢问题处理已经有5人回复
【求助】游离水分子理论加氢的命令已经有4人回复
【讨论】晶体解析过程中有关游离水的理论加氢已经有8人回复
【求助】游离水加不上氢要在文章的什么位置说明或者有什么加氢的方法介绍一下已经有6人回复
【求助/交流】重叠PCR相关问题。已经有8人回复
【求助】如何解决高压釜水相加氢反应中金属催化剂的流失问题已经有41人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-08-22 08:29:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

yzgdwjh

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1667.6
帖子: 465
在线: 49.7小时
虫号: 590229

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+30): 晶体学杂志，指的是晶体学联合会的那些杂志吗？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 14:30:43

这种问题很难说得清楚，只能给个大致的方向：一般我是用xp加氢的，加氢更多的主观因素（单晶衍射一般很难确定溶剂氢的位置，提高信噪比也无济于事），两个原子距离合适就可以加氢，然后再整体权衡哪个是给体受体，都找完了再加restraints一起精修氢原子的位置，这样一般都可以自圆其说，但如果有无序情况存在，420错误一般很难避免，如果不是发晶体学杂志，应该不是什么大问题。