应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » B类错误420及游离水加氢问题
51/1返回列表
查看: 2616  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

[交流] B类错误420及游离水加氢问题

问题；
1、我如何用.lst中的信息重新换坐标精修呢？
Alternative approximate positions for H attached to O1:
   0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706      0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   这个如何换，具体点吧。谢谢。

2、420的B类错误如何解决呢？我搞了快两天了，很纠结。我用的是wingx-maps-calcu-OH计算加游离水的氢的，最好的结果，就是检查后，只有4个420B类错误。请高手指点。投非晶体学报是否可以不管了呢？谢谢。

３、精修加氢是以.lst中的为第一解决，还是用wingx的计算为第一呢？即，哪个优先呢？谢谢。

4、如果实在加不了，如果上面两种办法都不行，也可以不加氢，在文章中给以适当的说明即可；此外，用Platon中的Squeeze功能去掉溶剂水对整个结构精修的贡献。最后再根据计算结果把所缺少的电子个数加入到cif文件中(Fooo)，相应把分子式、分子量都要做相应的改变, 文章中精修部分也要给以适当的说明。
这个具体如何做呢？谢谢。


请具体指点，不要说什么发您邮箱里看看的话，我是来学习的。
授人与鱼，不若授人与渔。

这是精修后.lst文件中的信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

  0.85         2.37         2.706(6)     104.3        O1-H1B...O3_$1
  0.85         2.23         2.739(6)     118.4        O1-H1A...O4
  0.85         2.26         2.914(8)     134.1        O2-H2B...N4
** No suitable H-bond found for O2...N5_$2 = 2.981(8) A **
  0.85         2.14         2.873(7)     144.0        O3-H3B...O4
  0.85         2.12         2.754(8)     130.9        O4-H4B...O5
  0.85         2.24         2.758(7)     119.0        O4-H4A...O2
** No suitable H-bond found for O5...O4 = 2.754(8) A **
  0.85         2.73         2.953(8)     96.8         O5-H5A...N4_$3


Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O1-H1A         0.850    2.231   118.39    2.739    O4

O1-H1B         0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O1:
   0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706      0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2A         0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
   0.3266  0.1252  0.3759  O..O4   2.758   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2B         0.850    2.258   134.07    2.914    N4

O3-H3A         0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3:
   0.4479 -0.0741  0.5823  O..O1 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3B         0.850    2.141   144.00    2.873    O4

O4-H4A         0.850    2.244   118.95    2.758    O2

O4-H4B         0.850    2.121   130.88    2.754    O5

O5-H5A         0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O5:
   0.3537 -0.0560  0.2584  O..O4   2.754   ------------------------------------------------------------------------------

O5-H5B         0.850    2.351   130.02    2.970    N5




[ Last edited by wzgynkmlhf on 2011-8-22 at 08:48 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-08-22 08:29:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzgdwjh

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+30): 晶体学杂志，指的是晶体学联合会的那些杂志吗？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 14:30:43
这种问题很难说得清楚，只能给个大致的方向：一般我是用xp加氢的，加氢更多的主观因素（单晶衍射一般很难确定溶剂氢的位置，提高信噪比也无济于事），两个原子距离合适就可以加氢，然后再整体权衡哪个是给体受体，都找完了再加restraints一起精修氢原子的位置，这样一般都可以自圆其说，但如果有无序情况存在，420错误一般很难避免，如果不是发晶体学杂志，应该不是什么大问题。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-08-22 13:43:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 09:17:04
游离水能否用傅里叶加氢，万一加不了就用理论加氢
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-08-22 09:02:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

454106649

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
游离水的氢实在加不上就不加了！
O2 O5 氢键做的也不对
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-08-22 09:41:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
希望来点具体的有效的回复
赞一下 回复此楼
6楼2011-08-22 09:59:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天放榜吗？ +12 布布和一二 2026-08-19 12/600 2026-08-19 13:45 by gloomy6159
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +8 kkkl_v 2026-08-19 8/400 2026-08-19 12:34 by Vivilian
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +4 Tide man 2026-08-12 5/250 2026-08-19 07:41 by 201120518022
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭