| 查看: 2154 | 回复: 13 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
B类错误420及游离水加氢问题
|
|||
|
问题； 1、我如何用.lst中的信息重新换坐标精修呢？ Alternative approximate positions for H attached to O1: 0.5175 0.1270 0.3770 O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ] 2.706 2、420的B类错误如何解决呢？我搞了快两天了，很纠结。我用的是wingx-maps-calcu-OH计算加游离水的氢的，最好的结果，就是检查后，只有4个420B类错误。请高手指点。投非晶体学报是否可以不管了呢？谢谢。 ３、精修加氢是以.lst中的为第一解决，还是用wingx的计算为第一呢？即，哪个优先呢？谢谢。 4、如果实在加不了，如果上面两种办法都不行，也可以不加氢，在文章中给以适当的说明即可；此外，用Platon中的Squeeze功能去掉溶剂水对整个结构精修的贡献。最后再根据计算结果把所缺少的电子个数加入到cif文件中(Fooo)，相应把分子式、分子量都要做相应的改变, 文章中精修部分也要给以适当的说明。 这个具体如何做呢？谢谢。 请具体指点，不要说什么发您邮箱里看看的话，我是来学习的。 授人与鱼，不若授人与渔。 这是精修后.lst文件中的信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.85 2.37 2.706(6) 104.3 O1-H1B...O3_$1 0.85 2.23 2.739(6) 118.4 O1-H1A...O4 0.85 2.26 2.914(8) 134.1 O2-H2B...N4 ** No suitable H-bond found for O2...N5_$2 = 2.981(8) A ** 0.85 2.14 2.873(7) 144.0 O3-H3B...O4 0.85 2.12 2.754(8) 130.9 O4-H4B...O5 0.85 2.24 2.758(7) 119.0 O4-H4A...O2 ** No suitable H-bond found for O5...O4 = 2.754(8) A ** 0.85 2.73 2.953(8) 96.8 O5-H5A...N4_$3 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O1-H1A 0.850 2.231 118.39 2.739 O4 O1-H1B 0.850 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O1: 0.5175 0.1270 0.3770 O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ] 2.706 O2-H2A 0.850 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O2: 0.3266 0.1252 0.3759 O..O4 2.758 O2-H2B 0.850 2.258 134.07 2.914 N4 O3-H3A 0.850 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O3: 0.4479 -0.0741 0.5823 O..O1 [ -x+1, -y, -z+1 ] 2.706 O3-H3B 0.850 2.141 144.00 2.873 O4 O4-H4A 0.850 2.244 118.95 2.758 O2 O4-H4B 0.850 2.121 130.88 2.754 O5 O5-H5A 0.850 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O5: 0.3537 -0.0560 0.2584 O..O4 2.754 O5-H5B 0.850 2.351 130.02 2.970 N5   [ Last edited by wzgynkmlhf on 2011-8-22 at 08:48 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
中南大学易小艺课题组诚招2026申请-考核制博士生
已经有0人回复
-
海南师范大学招收化学博士（光电功能材料课题组招收博士研究生）
已经有10人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有129人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于基因构建中开放阅读框架的若干问题
已经有7人回复
- 枯草芽孢杆菌表达的问题
已经有8人回复
- 100金币请高手把H加上，不是游离水的，是普通的H，理论加氢就OK
已经有7人回复
- 求解DNA浓度测量中的一些问题
已经有3人回复
- 求大侠帮忙解决一个B类错误！！谢谢
已经有5人回复
- 配位水游离水加氢问题 精修问题
已经有13人回复
- 石墨烯纳米带 vasp建模 边缘如何加氢
已经有28人回复
- 游离水加氢问题
已经有5人回复
- 重金求助解决checkcif错误，主要是晶格水的加氢
已经有10人回复
- 几个A类错误及游离水加氢问题处理
已经有5人回复
- 【求助】游离水分子理论加氢的命令
已经有4人回复
- 【讨论】晶体解析过程中有关游离水的理论加氢
已经有8人回复
- 【求助】游离水加不上氢要在文章的什么位置说明或者有什么加氢的方法介绍一下
已经有6人回复
- 【求助/交流】重叠PCR相关问题。
已经有8人回复
- 【求助】如何解决高压釜水相加氢反应中金属催化剂的流失问题
已经有41人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
复旦大学化学系杰青/优青团队诚聘博士后
+3/165
-
清华大学药学院卢磊课题组诚聘新药研发方向科研助理
+1/76
-
坐标武汉，代亲友发帖征结婚对象（男征女）
+1/71
-
中国计量大学集成电路与微系统国家高层次人才团队招收博士生
+1/51
-
人到中年，还能干啥
+1/27
-
上海大学昝鹏教授、军事医学研究院伯晓晨研究员/倪铭副研究员 课题组招聘博士生
+2/22
-
求硫醇的合成资源
+1/20
-
湖南师范大学分子识别与荧光传感团队招收2026年“申请-考核” 制博士研究生1名
+1/10
-
中南大学化学化工学院高性能聚合物团队2026年诚聘博士后或青年教师
+1/9
-
海南师范大学招收化学博士（光电功能材料课题组招收博士研究生）
+1/8
-
ResearchGate注册时的认证问题
+1/8
-
中科院和北京工商大学招收2026博士/化学或生物背景
+1/7
-
厦门大学化学化工学院孙世刚院士团队博士后招聘——固态电池、锂/钠金属负极方向
+1/7
-
长春工业大学 机电工程学院 韩玲教授 招收审核制2026年秋季入学博士生
+1/6
-
上海交通大学机械与动力工程学院周宝文课题组招收2026年硕士研究生
+1/5
-
中国科大化学与材料科学学院/苏州高研院刘东/熊宇杰教授团队诚聘博士后
+1/3
-
SCI文章辅助，无人机、计算机网络通信、算法方向
+1/3
-
SCI文章辅助，无人机、计算机网络通信、算法方向
+1/2
-
新疆大学燃烧气化与污染控制研究团队博士后招聘启事
+1/2
-
同济大学电信学院，肖李课题组招收2026年统考硕士生1-2名。
+1/1
3楼2011-08-22 09:02:40
5楼2011-08-22 09:41:08
6楼2011-08-22 09:59:34
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+30): 晶体学杂志，指的是晶体学联合会的那些杂志吗？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 14:30:43
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+30): 晶体学杂志，指的是晶体学联合会的那些杂志吗？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 14:30:43
| 这种问题很难说得清楚，只能给个大致的方向：一般我是用xp加氢的，加氢更多的主观因素（单晶衍射一般很难确定溶剂氢的位置，提高信噪比也无济于事），两个原子距离合适就可以加氢，然后再整体权衡哪个是给体受体，都找完了再加restraints一起精修氢原子的位置，这样一般都可以自圆其说，但如果有无序情况存在，420错误一般很难避免，如果不是发晶体学杂志，应该不是什么大问题。 |
7楼2011-08-22 13:43:04