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[交流]
B类错误420及游离水加氢问题
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问题； 1、我如何用.lst中的信息重新换坐标精修呢？ Alternative approximate positions for H attached to O1: 0.5175 0.1270 0.3770 O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ] 2.706 2、420的B类错误如何解决呢？我搞了快两天了，很纠结。我用的是wingx-maps-calcu-OH计算加游离水的氢的，最好的结果，就是检查后，只有4个420B类错误。请高手指点。投非晶体学报是否可以不管了呢？谢谢。 ３、精修加氢是以.lst中的为第一解决，还是用wingx的计算为第一呢？即，哪个优先呢？谢谢。 4、如果实在加不了，如果上面两种办法都不行，也可以不加氢，在文章中给以适当的说明即可；此外，用Platon中的Squeeze功能去掉溶剂水对整个结构精修的贡献。最后再根据计算结果把所缺少的电子个数加入到cif文件中(Fooo)，相应把分子式、分子量都要做相应的改变, 文章中精修部分也要给以适当的说明。 这个具体如何做呢？谢谢。 请具体指点，不要说什么发您邮箱里看看的话，我是来学习的。 授人与鱼，不若授人与渔。 这是精修后.lst文件中的信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.85 2.37 2.706(6) 104.3 O1-H1B...O3_$1 0.85 2.23 2.739(6) 118.4 O1-H1A...O4 0.85 2.26 2.914(8) 134.1 O2-H2B...N4 ** No suitable H-bond found for O2...N5_$2 = 2.981(8) A ** 0.85 2.14 2.873(7) 144.0 O3-H3B...O4 0.85 2.12 2.754(8) 130.9 O4-H4B...O5 0.85 2.24 2.758(7) 119.0 O4-H4A...O2 ** No suitable H-bond found for O5...O4 = 2.754(8) A ** 0.85 2.73 2.953(8) 96.8 O5-H5A...N4_$3 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O1-H1A 0.850 2.231 118.39 2.739 O4 O1-H1B 0.850 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O1: 0.5175 0.1270 0.3770 O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ] 2.706 O2-H2A 0.850 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O2: 0.3266 0.1252 0.3759 O..O4 2.758 O2-H2B 0.850 2.258 134.07 2.914 N4 O3-H3A 0.850 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O3: 0.4479 -0.0741 0.5823 O..O1 [ -x+1, -y, -z+1 ] 2.706 O3-H3B 0.850 2.141 144.00 2.873 O4 O4-H4A 0.850 2.244 118.95 2.758 O2 O4-H4B 0.850 2.121 130.88 2.754 O5 O5-H5A 0.850 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O5: 0.3537 -0.0560 0.2584 O..O4 2.754 O5-H5B 0.850 2.351 130.02 2.970 N5   [ Last edited by wzgynkmlhf on 2011-8-22 at 08:48 ] |
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5楼2011-08-22 09:41:08
3楼2011-08-22 09:02:40
6楼2011-08-22 09:59:34
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+30): 晶体学杂志，指的是晶体学联合会的那些杂志吗？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 14:30:43
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wzgynkmlhf(金币+30): 晶体学杂志，指的是晶体学联合会的那些杂志吗？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金币+1): 欢迎常来晶体版交流 2011-08-22 14:30:43
| 这种问题很难说得清楚，只能给个大致的方向：一般我是用xp加氢的，加氢更多的主观因素（单晶衍射一般很难确定溶剂氢的位置，提高信噪比也无济于事），两个原子距离合适就可以加氢，然后再整体权衡哪个是给体受体，都找完了再加restraints一起精修氢原子的位置，这样一般都可以自圆其说，但如果有无序情况存在，420错误一般很难避免，如果不是发晶体学杂志，应该不是什么大问题。 |
7楼2011-08-22 13:43:04