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[交流] 【请教】质子化的水加氢【非常感谢】

解晶体和发文章时，一般中性水中的H可以不加，或者通过差值傅立叶加氢，但是由于涉及到价态平衡，我的一个水必须通过质子化来解释，且编辑要求指出四个水中哪一个被质子化了。。。。。
请问这种情况该怎么解决呢？有哪位高人遇到过水质子化的情况吗？请问是怎么解决的？？很感激~~~~

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1楼 2010-12-14 21:59:34

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

soso800120

金虫 (小有名气)

帝夫(金币+5):你的建议很好！ 2010-12-15 09:56:31
帝夫(金币+5):感谢回帖交流！ 2010-12-15 09:56:44

要确定哪个被质子化了应该很难吧如果你的数据不是特好
加氢：如果你的水是配位的可以直接用加C上氢的方式+固定长度
hfix 137 0.85 O1
如果是游离的如果你能找到一个或两个氢，例如两个
可以将这两个H的SFAC number改成C的SFAC 然后用
hfix 23 0.85 O1
这样就产生了4个氢改回原来两个的SFAC number 然后看看哪三个有合理的氢键删除第四个
上面两个例子最后最好都删除位置上的固定
限制键长键角然后refine到合理的位置
我也不知道这样是否合理
欢迎大家积极讨论