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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【请教】质子化的水加氢【非常感谢】
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)

[交流] 【请教】质子化的水加氢【非常感谢】

解晶体和发文章时，一般中性水中的H可以不加，或者通过差值傅立叶加氢，但是由于涉及到价态平衡，我的一个水必须通过质子化来解释，且编辑要求指出四个水中哪一个被质子化了。。。。。
请问这种情况该怎么解决呢？有哪位高人遇到过水质子化的情况吗？请问是怎么解决的？？很感激~~~~
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1楼 2010-12-14 21:59:34
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bswk

铜虫 (著名写手)
可以先在水的旁边通过Q峰找出可能的氢原子，然后加大Q的数量，数据好的话一般在质子化的O旁边都能找出来三个氢
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7楼2010-12-15 16:21:22
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hardy2709

木虫 (小有名气)
帝夫(金币+1):我发的也不高！！ 2010-12-15 09:57:42
帝夫(金币+1):感谢回帖交流！ 2010-12-15 09:58:29
看来我发的文章档次还是不够
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3楼2010-12-15 08:54:17
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2009210721

铜虫 (著名写手)
帝夫(金币+1):你是怎么解决的呢？？ 2010-12-15 09:57:13
帝夫(金币+1):感谢回帖交流！ 2010-12-15 09:57:27
我也遇到了这样的问题哦
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4楼2010-12-15 09:29:59
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soso800120

金虫 (小有名气)
帝夫(金币+5):你的建议很好！ 2010-12-15 09:56:31
帝夫(金币+5):感谢回帖交流！ 2010-12-15 09:56:44
要确定哪个被质子化了应该很难吧 如果你的数据不是特好
加氢：如果你的水是配位的 可以直接用加C上氢的方式+固定长度
hfix 137 0.85 O1
如果是游离的 如果你能找到一个或两个氢， 例如两个
可以将这两个H的SFAC number改成C的SFAC 然后用
hfix 23 0.85 O1
这样就产生了4个氢 改回原来两个的SFAC number 然后看看哪三个有合理的氢键 删除第四个
上面两个例子 最后最好都删除位置上的固定
限制键长 键角 然后refine到合理的位置
我也不知道这样是否合理
欢迎大家积极讨论
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5楼2010-12-15 09:46:15
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