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windf1ower金虫 (正式写手)
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[求助]
SYBYL Surflex-dock问题
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对pdb数据库中的某些晶体，把小分子配体抽提回来再用Surflex-dock做对接的时候可能会对接不回去 源资的技术给出的结论是因为晶体数据本身可能就存在不合理结构（比如某些原子间距离过近） 解决方案是Surflex-dock detail里悬赏Protein Flexibility 但是，问题在下面—— 如果我就是想得到晶体结构原样的对接打分，勾了Rigid Molecule Search之后，小分子构象是和初始从晶体结构里抽提出来的一样了，但是位置上偏差还是比较大 Protein flexibility也试过了，都不行 有么有什么别的快速简单办法可以让小分子保持原有构型和坐标，打个分或者算个结合能？ 补数据，比较急>< 谢谢大家~ |
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