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wkzhangchi

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 43.3
帖子: 30
在线: 9.5小时
虫号: 1954391
注册: 2012-08-24
专业: 水产资源与保护学

[求助] 蛋白质三级结构3D图制作问题已有2人参与

用的同源建模网站 http://swissmodel.expasy.org/interactive/NNUvM6/models
然后得到了3个模型（相似度都在38%左右），但是都缺少了其实开始的一部分。之前预测时，缺少的这一部分正好是信号肽（23个AA），我在想中间是不是有什么巧合或者信号肽不出现在模型中？
但接下来出来的3个模型结果如【附件1】中所示，其中有几个英文很不理解代表什么：
GMQE（全球性模型质量估测）0.62 是不是越接近1越好？
QMEAN4 -6.63（后带一个手爪给差评）又是什么意思啊？

接着我将3个模型都下载下来PDB格式的文件，用deepview打开。但出来的是骨架图。我想要的是三维立体图【附件3】。就是a螺旋和b折叠等不同二级结构着不同颜色的那种直观图。倒是知道怎么弄成3D的了，但是颜色上不会弄【附件3】。deepview的说明书上也没有说。看了2012年的讨论，按照步骤走了一遍也不对，显示出来的3D图形为纯白色的。
一句原话：“在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。” 但是我还是没搞出来……
请大神们指教~~~~

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