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wkzhangchi

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质三级结构3D图制作问题已有2人参与

用的同源建模网站  http://swissmodel.expasy.org/interactive/NNUvM6/models
然后得到了3个模型(相似度都在38%左右),但是都缺少了其实开始的一部分。之前预测时,缺少的这一部分正好是信号肽(23个AA),我在想中间是不是有什么巧合或者信号肽不出现在模型中?
但接下来出来的3个模型结果如【附件1】中所示,其中有几个英文很不理解代表什么:
GMQE(全球性模型质量估测)0.62 是不是越接近1越好?
QMEAN4  -6.63(后带一个手爪给差评) 又是什么意思啊?


接着我将3个模型都下载下来PDB格式的文件,用deepview打开。但出来的是骨架图。我想要的是三维立体图【附件3】。就是a螺旋和b折叠等不同二级结构着不同颜色的那种直观图。倒是知道怎么弄成3D的了,但是颜色上不会弄【附件3】。deepview的说明书上也没有说。看了2012年的讨论,按照步骤走了一遍也不对,显示出来的3D图形为纯白色的。
一句原话:“在display - render in 3D(颜色先设好),这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带,随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除(拖选即可),仅保留ribn项。即可达到你所需效果。” 但是我还是没搞出来……
请大神们指教~~~~

蛋白质三级结构3D图制作问题
1.JPG


蛋白质三级结构3D图制作问题-1
2.JPG


蛋白质三级结构3D图制作问题-2
3.JPG
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好好学习LH

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ferlich at 2014-05-18 15:26:07
补充一下,建议用pymol来画吧,非常简单,点两下鼠标就行

楼主麻烦发一下pymol软件吧  谢谢
13楼2017-11-02 12:59:05
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