24小时热门版块排行榜    

查看: 1245  |  回复: 14

dongabcde

银虫 (小有名气)

[求助] 关于表面的优化 已有2人参与

请教大家一个问题,我是想计算的小分子有机物在pt(111)表面的氧化机理,但是在优化完pt的(111)表面之后就会缺失pt原子,因此就会造成了在原子配对时无法完成配对。不知道该如何解决这个问题。望各位大虫指教!谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王凯0370

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
dongabcde: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-05-08 11:33:58
你看一下POSCAR里的原子是不是超出了边界条件,给算到盒子外边去了。这样的话只要将每一列的坐标加上或减去相同的一个数是原子坐标都回到边界条件里边就行了。但愿能帮到你。
在这个平台里,有问题就问。能解答的问题知无不言、言无不尽
2楼2014-05-08 09:49:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dongabcde

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 王凯0370 at 2014-05-08 09:49:51
你看一下POSCAR里的原子是不是超出了边界条件,给算到盒子外边去了。这样的话只要将每一列的坐标加上或减去相同的一个数是原子坐标都回到边界条件里边就行了。但愿能帮到你。

谢谢你,不好意思我不知道POSCAR在哪里,原来没有用过呢? 我这里缺失的原子是没有固定的最上面一层边上边界的原子,你看看我的图

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 新建MicrosoftOfficeWord97-2003文档(2).doc
  • 2014-05-08 11:32:12, 96 K
3楼2014-05-08 11:32:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dongabcde

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 王凯0370 at 2014-05-08 09:49:51
你看一下POSCAR里的原子是不是超出了边界条件,给算到盒子外边去了。这样的话只要将每一列的坐标加上或减去相同的一个数是原子坐标都回到边界条件里边就行了。但愿能帮到你。

谢谢你,不好意思我不知道POSCAR在哪里,原来没有用过呢? 我这里缺失的原子是没有固定的最上面一层边上边界的原子,你看看我的图我下面附上了图
4楼2014-05-08 11:33:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王凯0370

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dongabcde: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-05-08 14:56:36
引用回帖:
4楼: Originally posted by dongabcde at 2014-05-08 11:33:45
谢谢你,不好意思我不知道POSCAR在哪里,原来没有用过呢? 我这里缺失的原子是没有固定的最上面一层边上边界的原子,你看看我的图我下面附上了图...

你用的是什么软件啊?MS?VASP?不管哪个软件都应该有界定原子坐标的文件或者什么东西吧。你把你的原子坐标对比一下在切面时的边界条件,看一下是不是超出了边界。我觉得出现这种情况的很大一部分原因就是原子坐标超出了边界条件,抛出盒子了。
在这个平台里,有问题就问。能解答的问题知无不言、言无不尽
5楼2014-05-08 11:40:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dongabcde

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 王凯0370 at 2014-05-08 11:40:58
你用的是什么软件啊?MS?VASP?不管哪个软件都应该有界定原子坐标的文件或者什么东西吧。你把你的原子坐标对比一下在切面时的边界条件,看一下是不是超出了边界。我觉得出现这种情况的很大一部分原因就是原子坐标 ...

我试试哈!谢谢你大侠
6楼2014-05-08 14:56:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dongabcde

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 王凯0370 at 2014-05-08 11:40:58
你用的是什么软件啊?MS?VASP?不管哪个软件都应该有界定原子坐标的文件或者什么东西吧。你把你的原子坐标对比一下在切面时的边界条件,看一下是不是超出了边界。我觉得出现这种情况的很大一部分原因就是原子坐标 ...

我用的是MS,那这样会不会影响计算结果,应该不会影响吧,
7楼2014-05-08 15:01:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王凯0370

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by dongabcde at 2014-05-08 15:01:59
我用的是MS,那这样会不会影响计算结果,应该不会影响吧,...

不会影响的,确切的说应该是让所有的原子在盒子内进行弛豫优化才是对的,才是正确的。
在这个平台里,有问题就问。能解答的问题知无不言、言无不尽
8楼2014-05-08 17:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1101120118

铜虫 (初入文坛)

已经解决了,就不多说什么了,好像就是视觉上的问题,其实你的表面上是存在pt的,调下边界就ok了…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
9楼2014-05-09 21:12:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dongabcde

银虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 1101120118 at 2014-05-09 21:12:33
已经解决了,就不多说什么了,好像就是视觉上的问题,其实你的表面上是存在pt的,调下边界就ok了…

你好,虫友,我不知道怎么调边界条件,麻烦你能不能给指教一下谢谢
10楼2014-05-09 21:57:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dongabcde 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 28/1400 2026-08-13 17:51 by 医学老男孩
[文学芳草园] 阿姨 +3 汪汪锅 2026-08-09 3/150 2026-08-13 16:56 by 410610288
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 11/550 2026-08-13 10:40 by ZH远山
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
信息提示
请填处理意见