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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 热点前沿问题讨论 » 关于表面的优化
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dongabcde

银虫 (小有名气)

[求助] 关于表面的优化 已有2人参与

请教大家一个问题，我是想计算的小分子有机物在pt（111）表面的氧化机理，但是在优化完pt的（111）表面之后就会缺失pt原子，因此就会造成了在原子配对时无法完成配对。不知道该如何解决这个问题。望各位大虫指教！谢谢
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1楼 2014-05-07 22:04:05
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王凯0370

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
dongabcde: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-05-08 11:33:58
你看一下POSCAR里的原子是不是超出了边界条件，给算到盒子外边去了。这样的话只要将每一列的坐标加上或减去相同的一个数是原子坐标都回到边界条件里边就行了。但愿能帮到你。
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2楼2014-05-08 09:49:51
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 王凯0370 at 2014-05-08 09:49:51
你看一下POSCAR里的原子是不是超出了边界条件，给算到盒子外边去了。这样的话只要将每一列的坐标加上或减去相同的一个数是原子坐标都回到边界条件里边就行了。但愿能帮到你。

谢谢你，不好意思我不知道POSCAR在哪里，原来没有用过呢? 我这里缺失的原子是没有固定的最上面一层边上边界的原子，你看看我的图
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    • 2014-05-08 11:32:12, 96 K
3楼2014-05-08 11:32:07
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 王凯0370 at 2014-05-08 09:49:51
你看一下POSCAR里的原子是不是超出了边界条件，给算到盒子外边去了。这样的话只要将每一列的坐标加上或减去相同的一个数是原子坐标都回到边界条件里边就行了。但愿能帮到你。

谢谢你，不好意思我不知道POSCAR在哪里，原来没有用过呢? 我这里缺失的原子是没有固定的最上面一层边上边界的原子，你看看我的图我下面附上了图
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4楼2014-05-08 11:33:45
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王凯0370

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dongabcde: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-05-08 14:56:36
引用回帖:
4楼: Originally posted by dongabcde at 2014-05-08 11:33:45
谢谢你，不好意思我不知道POSCAR在哪里，原来没有用过呢? 我这里缺失的原子是没有固定的最上面一层边上边界的原子，你看看我的图我下面附上了图...

你用的是什么软件啊？MS？VASP？不管哪个软件都应该有界定原子坐标的文件或者什么东西吧。你把你的原子坐标对比一下在切面时的边界条件，看一下是不是超出了边界。我觉得出现这种情况的很大一部分原因就是原子坐标超出了边界条件，抛出盒子了。
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5楼2014-05-08 11:40:58
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 王凯0370 at 2014-05-08 11:40:58
你用的是什么软件啊？MS？VASP？不管哪个软件都应该有界定原子坐标的文件或者什么东西吧。你把你的原子坐标对比一下在切面时的边界条件，看一下是不是超出了边界。我觉得出现这种情况的很大一部分原因就是原子坐标 ...

我试试哈！谢谢你大侠
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6楼2014-05-08 14:56:24
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 王凯0370 at 2014-05-08 11:40:58
你用的是什么软件啊？MS？VASP？不管哪个软件都应该有界定原子坐标的文件或者什么东西吧。你把你的原子坐标对比一下在切面时的边界条件，看一下是不是超出了边界。我觉得出现这种情况的很大一部分原因就是原子坐标 ...

我用的是MS，那这样会不会影响计算结果，应该不会影响吧，
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7楼2014-05-08 15:01:59
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王凯0370

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by dongabcde at 2014-05-08 15:01:59
我用的是MS，那这样会不会影响计算结果，应该不会影响吧，...

不会影响的，确切的说应该是让所有的原子在盒子内进行弛豫优化才是对的，才是正确的。
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8楼2014-05-08 17:03:19
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1101120118

铜虫 (初入文坛)
已经解决了，就不多说什么了，好像就是视觉上的问题，其实你的表面上是存在pt的，调下边界就ok了…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2014-05-09 21:12:33
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 1101120118 at 2014-05-09 21:12:33
已经解决了，就不多说什么了，好像就是视觉上的问题，其实你的表面上是存在pt的，调下边界就ok了…

你好，虫友，我不知道怎么调边界条件，麻烦你能不能给指教一下谢谢
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10楼2014-05-09 21:57:29
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