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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助成功】从原胞到表面吸附结构,一套完整的计算,怎么规划优化?
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[交流] 【求助成功】从原胞到表面吸附结构,一套完整的计算,怎么规划优化?已有5人参与

在各位虫友的帮助启发下,现在VASP总能计算结果基本上都能与文献结果保持数量级上的一致.现在迫切需要提高计算精度,希望可以把偏差控制到0.02eV以下.我把我的计算流程列出来,希望大家提供改善或纠正的意见.

我做计算的流程如下:
(1)原胞优化,建模.
(2)ISTART=0,ICHARG=2,EDIFF=1E-3,EDIFFG=-0.1,IBRION=2,LREAL=Auto粗结构优化;
(3)rm WAVECAR.EDIFF=1E-4,EDIFFG=-0.01,IBRION=2,LREAL=Auto结构优化;
(4)静态计算,优化ENCUT,K-points,SIGMA
(5)rm WAVECAR,用优化好的参数和结构,做静态自恰计算,得到总能和电荷密度数据.
(6)能带等其它性质的计算.
(7)数据处理.

问题:
(1)FFT的网格优化需要做吗?在哪个阶段做比较合适?
(2)对于含有f电子的模型,带U优化结构有必要吗?先不带U优化结构,计算总能和电子结构的时候再把U加上满足精度要求吗?
(3)同种材料不同结构的模型,SIGMA要分别优化吗?比如原胞总能计算,需要优化SIGMA;做出表面后SIGMA又要优化一次;做出表面吸附结构后,SIGMA需要再优化一次?提出这样的问题是因为我检查同样的SIGMA设置,不同模型中EENTRO差别较大,只有少数情况是较小的(<0.01)
(4)过了一段时间,计算任务积累的越来越多了,各位怎么管理和保存这些结算结果呢?

这些还是入门性的问题,很多可以自己慢慢摸索.但是希望可以和大家交流一下,以节约时间.也希望这个帖子对一些人有帮助.

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-17 at 14:46 ]
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1楼2010-05-23 09:48:51
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kgdu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lono75 at 2010-05-24 18:19:45:


几个meV

请问这是对任何体系都是这样吗？如果原子数目较多，是不是应该大点呢？这有没有一个对不同体系都适用的标准？谢谢了！
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7楼2010-05-24 18:28:07
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

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引用回帖:
Originally posted by kgdu at 2010-05-24 16:45:00:


请问优化ENCUT，K-point时，一般能量变化小于多少时就可以了，这个值是不是还体系原子的个数有关？还请问一下sigma怎么优化？谢谢了！！

候博士的指南中给出了SIGMA优化的一个例子.去找来看看.意思是在0.1-0.3之间设置几个SIGMA,分别做静态计算,然后看EENTRO和SIGMA的关系,一般要控制EENTRO较小,比如0.01(这个我不肯定,请高手给予判断)就可以了.

不过很多文献直接给出所有计算SIGMA=0.2不变化,或者算某个特别的值是指定SIGMA=0.05或者0.07这样很小的数值.

但是可以看到,SIGMA对OUTCAR中的三个能量数值是有影响的:
freen energy TOTEN
energy without entropy
energy (sigma->0)
到底选什么能量作为计算能量差计算基准?不知道.因为有文献交代所有能量都插值sigma->0.候博士的指南中好象用的是energy without entropy.但是经常看到用grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1 来看能量的.

希望高手可以给个结论.
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9楼2010-05-24 20:43:23
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
发现这个贴字不错,大家传阅.
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2075970&fpage=1
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2楼2010-05-24 14:19:12
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kgdu

金虫 (正式写手)
cenwanglai(金币+2):谢谢参与讨论 2010-06-17 14:44:56
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-05-23 09:48:51:
在各位虫友的帮助启发下,现在VASP总能计算结果基本上都能与文献结果保持数量级上的一致.现在迫切需要提高计算精度,希望可以把偏差控制到0.02eV以下.我把我的计算流程列出来,希望大家提供改善或纠正的意见.

我做 ...

请问优化ENCUT，K-point时，一般能量变化小于多少时就可以了，这个值是不是还体系原子的个数有关？还请问一下sigma怎么优化？谢谢了！！
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3楼2010-05-24 16:45:00
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rdw00

木虫 (著名写手)
cenwanglai(金币+2):谢谢回答. 2010-05-24 20:25:27
引用回帖:
Originally posted by kgdu at 2010-05-24 16:45:00:


请问优化ENCUT，K-point时，一般能量变化小于多少时就可以了，这个值是不是还体系原子的个数有关？还请问一下sigma怎么优化？谢谢了！！

不能看能量小于多少，是要求收敛。取最佳收敛点就可以
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4楼2010-05-24 17:40:38
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kgdu

金虫 (正式写手)
cenwanglai(金币+1):支持相互交流学习. 2010-05-24 20:26:02
对于每个给定的ENCUT，计算收敛后，比较不同ENCUT下的系统能量，看其差值，小于某一值时，就可以取那个较小ENCUT。这个差值一般是多少呢？
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5楼2010-05-24 17:56:42
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lono75

铁杆木虫 (著名写手)
cenwanglai(金币+2):谢谢回复. 2010-05-24 20:26:20
引用回帖:
Originally posted by kgdu at 2010-05-24 17:56:42:
对于每个给定的ENCUT，计算收敛后，比较不同ENCUT下的系统能量，看其差值，小于某一值时，就可以取那个较小ENCUT。这个差值一般是多少呢？

1meV/atom

[ Last edited by lono75 on 2010-5-24 at 20:13 ]
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由天命,成人事！
6楼2010-05-24 18:19:45
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by lono75 at 2010-05-24 18:19:45:


1meV/atom

[ Last edited by lono75 on 2010-5-24 at 20:13 ]

那如果50个原子,总能误差限就是50atoms*1meV/atom=0.05eV?
对应EDIFF=5E-2?

一般设置是EDIFF=1E-4.怎么解释?
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8楼2010-05-24 20:23:49
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lono75

铁杆木虫 (著名写手)
cenwanglai(金币+2):明白.谢谢. 2010-05-24 21:18:51
cenwanglai(金币+2):谢谢回复,再鼓励一下. 2010-05-25 09:21:52
两个不是一回事

EDIFF是取某一个Ecut时,电子自洽迭代时,相邻两次的能量差,达到此值时,ION动一下,ION步对应EDIFFG,.....

ΔEi<0.001eV/atom for different Ecut

电子迭代的ΔEi->EDIFF not the ΔEi of the later
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由天命,成人事！
10楼2010-05-24 21:08:58
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