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amber中的Sander文件 求助 已有1人参与
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mdout ：output user readable state info and diagnostics -o stdout will send output to stdout (to the terminal) instead of to a file. mdinfo： output latest mdout-format energy info refc ：input (optional) reference coords for position restraints; also used for targeted MD mtmd ：input (optional) containing list of files and parameters for targeted MD to multiple targets mdcrd ：output coordinate sets saved over trajectory inptraj： input input coordinate sets in trajectory format, when imin=5 mdvel ：output velocity sets saved over trajectory mden：output extensive energy data over trajectory restrt ：output final coordinates, velocity, and box dimensions if any - for restarting run inpdip： input polarizable dipole file, when indmeth=3 rstdip： output polarizable dipole file, when indmeth=3 cpin ：input protonation state definitions cprestrt： protonation state definitions, final protonation states for restart (same format as cpin) cpout： output protonation state data saved over trajectory evbin ：input input for EVB potentials sander里这几个文件，具体来讲是什么意思，我看manual只肤浅的把英文翻译成中文，理解不了这几个文件的用途,求指点. |
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iamthinking
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2楼2014-05-07 00:30:29
