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lifeisall

铜虫 (小有名气)

[求助] amber中的Sander文件 求助 已有1人参与

mdout ：output user readable state info and diagnostics -o stdout will send output to stdout (to
the terminal) instead of to a file.

mdinfo： output latest mdout-format energy info

refc ：input (optional) reference coords for position restraints; also used for targeted MD
mtmd ：input (optional) containing list of files and parameters for targeted MD to multiple targets

mdcrd ：output coordinate sets saved over trajectory
inptraj： input input coordinate sets in trajectory format, when imin=5
mdvel ：output velocity sets saved over trajectory

mden：output extensive energy data over trajectory
restrt ：output final coordinates, velocity, and box dimensions if any - for restarting run
inpdip： input polarizable dipole file, when indmeth=3
rstdip： output polarizable dipole file, when indmeth=3
cpin ：input protonation state definitions
cprestrt： protonation state definitions, final protonation states for restart (same format as cpin)
cpout： output protonation state data saved over trajectory
evbin ：input input for EVB potentials

sander里这几个文件，具体来讲是什么意思，我看manual只肤浅的把英文翻译成中文，理解不了这几个文件的用途,求指点.
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1楼 2014-05-06 20:13:51
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 18:47:35
按amber的tutorials做一次然后查看一下各个文件内容，你就知道是干嘛的了
赞一下 回复此楼
走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
2楼2014-05-07 00:30:29
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