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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 琼脂糖凝胶电泳严重拖尾
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sinky熹

铜虫 (初入文坛)

[求助] 琼脂糖凝胶电泳严重拖尾 已有2人参与

做的PCR类似巢式PCR，要二轮PCR，之后跑胶结果如图，拖尾的很严重，已经排除是电泳缓冲液和胶的问题了。重复的是以前的实验，但是东西不是一个批次的，模板用的是大半年前的质粒。希望高手指点。。。

琼脂糖凝胶电泳严重拖尾
1.jpg
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1楼 2014-05-01 15:03:03
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朱多龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sinky熹: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-01 15:56:08
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-01 20:43:33
这个现象主要是由于质粒的问题引起的。作为模板的质粒及基因组，时间久了就会出现这种拖尾的现象。DNA片段时间久了会出现一些随机的断裂，就会降低PCR产物的质量。所以还是换一批新的模板，我也会经常遇到这种现象。
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2楼2014-05-01 15:23:08
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sinky熹

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 朱多龙 at 2014-05-01 15:23:08
这个现象主要是由于质粒的问题引起的。作为模板的质粒及基因组，时间久了就会出现这种拖尾的现象。DNA片段时间久了会出现一些随机的断裂，就会降低PCR产物的质量。所以还是换一批新的模板，我也会经常遇到这种现象。

质粒已经摇上了，准备重新提。但是一轮PCR时采用的模板为质粒，第二轮PCR时用的是第一轮PCR的产物，第一轮电泳结果图却很好，会不会还有其他问题？
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3楼2014-05-01 15:41:43
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朱多龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by sinky熹 at 2014-05-01 15:41:43
质粒已经摇上了，准备重新提。但是一轮PCR时采用的模板为质粒，第二轮PCR时用的是第一轮PCR的产物，第一轮电泳结果图却很好，会不会还有其他问题？...

这也是很正常的啊，有时候片段在质粒上就是比直接用基因片段做模板PCR好啊。这可能是结合的问题，类似酶切位点吧，哈哈。
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4楼2014-05-01 16:41:53
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sinky熹(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-03 20:31:59
也有可能跟反应体系有关。试试第一轮反应循环数减少，模板也少点，或者稀释后做第二轮模版。
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学习使你立于不败之地
5楼2014-05-02 09:56:54
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