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vasp001

金虫 (正式写手)

[求助] Dmol3 做分子动力学模拟报错 已有1人参与

Dmol3 做分子动力学模拟报错,错误如下:

dq    B          NaN        NaN        NaN     0.283886   8.780477   0.969955
dq    N          NaN        NaN        NaN    -5.353392   6.297291   0.977270
dq    B          NaN        NaN        NaN     4.537650  -1.284872  -0.978048
dq    N          NaN        NaN        NaN    -0.979113   0.453686  -0.468735
dq    B          NaN        NaN        NaN     0.778156  -0.938722  -0.368904
dq    N          NaN        NaN        NaN    13.823708  -0.334532  -1.320626
dq    B          NaN        NaN        NaN   -16.458306   1.939333   1.868321
dq    N          NaN        NaN        NaN    -2.290754  -1.728536   0.630096
dq    H          NaN        NaN        NaN     0.524552   0.302119   0.002114

      Step      System Energy        Pot. Energy   Temperature
MD       1             NaN Ha   -2580.2609145 Ha       NaN K


System Energy is a sum of:
       Potential  =   -2580.2609145Ha
       Kinetic    =             NaNHa
       Thermostat =             NaNHa

Integration points, checksum  0     32634    521540       0.000000
Warning: al_reduce array size =0: doing nothing
Warning: al_reduce array size =0: doing nothing
Warning: al_reduce array size =0: doing nothing
Warning: al_reduce array size =0: doing nothing
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Error: Overlap matrix is not positive definite.
This most likely means the basis set contains linear dependencies.
Consider increasing the atomic cutoff parameter or changing the basis set.
Error: Overlap matrix is not positive definite.            
This most likely means the basis set contains linear depende
Consider increasing the atomic cutoff parameter or changing
Error: buffer size 0, array size =           6432

input 文件如下:

# Task parameters
Calculate                     molecular_dynamics
Write_HIS_File         on
Write_ARC_File         on
MD_Velocity            random
MD_Time_Step        1.0000
MD_Simann_panel
   10000      NVT_NH     300.0000   2.0000
#
Symmetry                      off
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             unrestricted
Start_Spin_Populations  on
11 1.0000
12 1.0000


charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               none
Functional                    pbe
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    thermal 0.0006
Cutoff_Global                 3.9000 angstrom
Scf_density_convergence       9.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_spin_mixing               0.5000
Scf_iterations                600
Scf_diis                      6 pulay

# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                       file     1 3 1 0.0000 0.0000 0.0000
6-B3N1-6.kpoints

# Calculated properties
Mulliken_analysis             charge

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焦卫红

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 21:49:32
Consider increasing the atomic cutoff parameter or changing the basis set.
考虑增加原子的截断能参数或改变基组。
2楼2014-04-27 17:03:42
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