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NIFENGGAOHUI

金虫 (初入文坛)

[求助] NAMD生成psf 求助

请帮小弟指点迷津：
我现在在用NAMD模拟分子，分子是蛋白质，在网上能找到pdb 文件，下一步是 要生成psf文件才能溶解的水里。
在生成psf文件时，用的 topology 文件是top_all27_prot_lipid.inp   
然后在我执行到segment U 的这一命令时，回馈如下，
segment U {pdb chlp.pdb}
psfgen) building segment U
psfgen) reading residues from pdb file chlp.pdb
psfgen) extracted 36 residues from pdb file
psfgen) Info: generating structure...psfgen) Info: skipping improper N-C-CA-HN at beginning of segment.
psfgen) Info: skipping conformation C-N-CA-C at beginning of segment.
psfgen) Info: skipping conformation C-CA-N-HN at beginning of segment.
psfgen) Info: skipping bond C-N at end of segment.
psfgen) Info: skipping improper C-CA-N-O at end of segment.
psfgen) Info: skipping conformation CA-C-N-CA at end of segment.
psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-O at end of segment.
psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-N at end of segment.
segment complete.
请问这可以忽略吗？
在继续执行命令
coordpdb chlp.pdb U
psfgen) reading coordinates from pdb file chlp.pdb for segment U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H1         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H2         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H3         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HG3         MET:1          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H         CYS:2          U
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3         CYS:2          U
----------
-----
最后生成的psf 文件感觉怪怪的，不知到怎么修改这个，求助高手指点，先谢谢各位的帮组。
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1楼 2014-03-26 06:21:43
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