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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

[求助] 关于重组克隆实验中遇到的比较奇怪的问题 已有3人参与

最近实验中遇到一个比较奇怪的问题:
在一个载体上用AscI+SmaI切下一片断,将目的基因连上(两端为AscI+SmaI)。目的基因是通过SOE-PCR做的,中间为SfiI酶切位点.
挑单克隆后,重组质粒要比原先的质粒小,而且SfiI切不开。或许有人说这是假阳性,我也知道,但奇怪的在下面。
我用载体上的另一个酶切位点SacI分别单酶切质粒与重组质粒,原先质粒可以切开线性化,而重组质粒却切不开。(两者反应条件一样)
在构建过程中,酶切位点SacI一直没有进行改动。
一位师兄说,可能载体制备的有问题,载体断开了。
我却觉得我重新做了3次都这样,是不是不是载体的问题???
请各位分析一下,不胜感激。
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)


kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-03-04 08:41:40
我有点不懂你说的,你后面的一个酶切位点也在目的基因上吗?用的什么载体?为什么用这种方法验证?
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
2楼2014-03-03 22:21:45
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ytetyio09

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
鬼羽帝魂: 金币+4, 有帮助 2014-05-31 16:45:36
可以试试这篇论文的方法,虽然是个小的改进,但是值得一试,而且很方便:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24613256
17楼2014-03-25 09:41:59
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普通回帖
3楼2014-03-03 22:35:02
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4楼2014-03-03 22:35:46
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liygmail

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-03-04 08:41:44
鬼羽帝魂: 金币+2, 有帮助 2014-05-31 16:45:13
目的基因片段是通过SOE-PCR做的,你测序过吗?建议测序看看,是否正确
5楼2014-03-03 23:00:57
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by liygmail at 2014-03-03 23:00:57
目的基因片段是通过SOE-PCR做的,你测序过吗?建议测序看看,是否正确

未测过序,老板不让。   PCR回收之后,大小正确,可能里面出错了?
6楼2014-03-04 10:50:59
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-03-03 22:21:45
我有点不懂你说的,你后面的一个酶切位点也在目的基因上吗?用的什么载体?为什么用这种方法验证?

后面的酶切位点SacI在载体上,不在目的基因片段里。我用它切是想线性化看看大小而已,结果就切不开了。
载体是PTRAK系列,自己实验室改造了不知多少次了。
7楼2014-03-04 10:53:18
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 鬼羽帝魂 at 2014-03-04 10:53:18
后面的酶切位点SacI在载体上,不在目的基因片段里。我用它切是想线性化看看大小而已,结果就切不开了。
载体是PTRAK系列,自己实验室改造了不知多少次了。...

看大小直接跑个电泳图,为什么要先切开再看大小。。。可以把重组质粒跟未重组的质粒一起跑,比较一下大小试试,然后进行PCR验证是否有目的基因插入,这种方法不行吗?
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
8楼2014-03-04 11:55:05
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小月亮1990

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
鬼羽帝魂: 金币+2, 有帮助 2014-05-31 16:45:23
建议还是要测序的,能知道那个酶切位点是不是真的还在,也许会有突变呢,要不碱基变了,你怎么换条件也是切不开的啊!
加油
9楼2014-03-04 12:00:07
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祝福
10楼2014-03-04 12:44:41
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