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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 网络生活区 » 有奖问答 » 学术帮助 » 细菌菌株同源性鉴定
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gmx123

新虫 (小有名气)

[求助] 细菌菌株同源性鉴定

我鉴定了菌株的16S rDNA，也做了系统发育树，找到了同源性最高的菌，我怎样知道这两株菌同源性达到多少呢？
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1楼 2013-12-31 22:27:11
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gmx123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-01-01 00:20:25
在NCBI的blast，选择在16SrDNA里搜索，结果自然就会按同源性从高到低给你排序！~~

According to the homology alignment of the 16S rDNA sequence
from the GenBank database, the XT1 strain had 99.8% homology
with Janthinobacterium sp. HHS7 (AJ846272), and 99.5% homology
with J. lividum (AF174648).这是一篇文献里的，我想知道这两个数据怎么得到的，我在NCBI里BLAST得到的数字是99%或98%，没有小数点啊。
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3楼2014-01-02 21:04:49
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

在NCBI的blast，选择在16SrDNA里搜索，结果自然就会按同源性从高到低给你排序！~~
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大家相互帮助哈
2楼2014-01-01 00:20:25
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luwei13566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gmx123 at 2014-01-02 21:04:49
According to the homology alignment of the 16S rDNA sequence
from the GenBank database, the XT1 strain had 99.8% homology
with Janthinobacterium sp. HHS7 (AJ846272), and 99.5% homology
with J. li ...

自己算啊，根据比对序列里有几个突变，自己都能给同源度算出来~
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大家相互帮助哈
4楼2014-01-02 22:50:30
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