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wanghuina108

新虫 (小有名气)

[求助] 分子模拟中的离子键

聚合物中的某一单元分子有离子化倾向,模拟的时候希望将其画成离子键,该如何操作呢?
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-06 10:49:28
wanghuina108: 金币+20 2013-12-07 10:15:40
只要设计拓扑文件的时候带电荷就行了,在MD中离子键就是静电引力
2楼2013-12-05 23:12:49
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wanghuina108

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-12-05 23:12:49
只要设计拓扑文件的时候带电荷就行了,在MD中离子键就是静电引力

说得太简单了,我对这个不太懂,能不能详细点?什么是拓扑文件?
3楼2013-12-07 09:22:22
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fhh2626

木虫 (正式写手)


月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-12-09 10:56:51
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanghuina108 at 2013-12-07 09:22:22
说得太简单了,我对这个不太懂,能不能详细点?什么是拓扑文件?...

你不是做分子模拟吗?比如NAMD,拓扑文件就是.top文件
GROMACS,CHARMM,AMBER也有相应的文件,把对应结构的-OH基团的H删掉,修改对应基团的电荷数
4楼2013-12-09 00:53:07
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