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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子模拟中的离子键
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wanghuina108

新虫 (小有名气)

[求助] 分子模拟中的离子键

聚合物中的某一单元分子有离子化倾向，模拟的时候希望将其画成离子键，该如何操作呢？
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1楼 2013-12-05 16:06:59
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-06 10:49:28
wanghuina108: 金币+20 2013-12-07 10:15:40
只要设计拓扑文件的时候带电荷就行了，在MD中离子键就是静电引力
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2楼2013-12-05 23:12:49
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wanghuina108

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-12-05 23:12:49
只要设计拓扑文件的时候带电荷就行了，在MD中离子键就是静电引力

说得太简单了，我对这个不太懂，能不能详细点？什么是拓扑文件？
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3楼2013-12-07 09:22:22
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fhh2626

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-09 10:56:51
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanghuina108 at 2013-12-07 09:22:22
说得太简单了，我对这个不太懂，能不能详细点？什么是拓扑文件？...

你不是做分子模拟吗？比如NAMD，拓扑文件就是.top文件
GROMACS，CHARMM，AMBER也有相应的文件，把对应结构的-OH基团的H删掉，修改对应基团的电荷数
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4楼2013-12-09 00:53:07
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