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violin0301

银虫 (初入文坛)

[求助] ITS1/4序列进行blast同源比对问题

刚接触菌种鉴定,有些问题搞不懂,请教各位大牛:

用ITS1/4引物扩增真菌DNA所得产物测序,获得一个序列,在ncbi上进行blast后,出来很多相似度高的菌株,那么我要比对的话,只能选择同样是由ITS1/4扩增出来的序列进行同源性比对吗?如果没有ITS1/ITS4扩增的序列呢?怎么办?

要发菌种鉴定的文章是否一定要有登录号呢?

万分感谢!
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

要发菌种鉴定的文章最好要有登录号,其实就是提交到genbank。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2013-11-22 20:04:09
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
violin0301: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-11-23 23:19:46
直接将你的序列输入NCBI进行blast就可以了
3楼2013-11-22 21:45:25
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violin0301

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2013-11-22 20:04:09
要发菌种鉴定的文章最好要有登录号,其实就是提交到genbank。

对不起这么晚回复。。。那么请问提交后一般多长时间可以获得登录号呢?谢谢 。
4楼2013-11-23 23:17:20
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

引用回帖:
4楼: Originally posted by violin0301 at 2013-11-23 23:17:20
对不起这么晚回复。。。那么请问提交后一般多长时间可以获得登录号呢?谢谢 。...

忘记了,应该挺快的吧?
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
5楼2013-11-23 23:23:39
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