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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » ITS1/4序列进行blast同源比对问题
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violin0301

银虫 (初入文坛)

[求助] ITS1/4序列进行blast同源比对问题

刚接触菌种鉴定，有些问题搞不懂，请教各位大牛：

用ITS1/4引物扩增真菌DNA所得产物测序，获得一个序列，在ncbi上进行blast后，出来很多相似度高的菌株，那么我要比对的话，只能选择同样是由ITS1/4扩增出来的序列进行同源性比对吗？如果没有ITS1/ITS4扩增的序列呢？怎么办？

要发菌种鉴定的文章是否一定要有登录号呢？

万分感谢！
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1楼 2013-11-22 19:49:59
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
要发菌种鉴定的文章最好要有登录号，其实就是提交到genbank。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2013-11-22 20:04:09
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
violin0301: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-11-23 23:19:46
直接将你的序列输入NCBI进行blast就可以了
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3楼2013-11-22 21:45:25
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violin0301

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2013-11-22 20:04:09
要发菌种鉴定的文章最好要有登录号，其实就是提交到genbank。

对不起这么晚回复。。。那么请问提交后一般多长时间可以获得登录号呢？谢谢 。
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4楼2013-11-23 23:17:20
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
引用回帖:
4楼: Originally posted by violin0301 at 2013-11-23 23:17:20
对不起这么晚回复。。。那么请问提交后一般多长时间可以获得登录号呢？谢谢 。...

忘记了，应该挺快的吧？
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
5楼2013-11-23 23:23:39
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