24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1382  |  回复: 3

cuicui2397

新虫 (小有名气)

[求助] vasp中,结构参数优化时,出现错误,求助!谢谢!

侯老师的vasp教程中,针对复杂情况的结构参数优化出现问题,求助!

复杂的情况,以六角结构Mg的晶格常数为例
1.先进行一次体积保持不变的粒子驰豫的计算(ISIF=5)
2再把优化得到的CONTCAR拷贝成POSCAR,进行一次静态的计算
3对a的值取10个左右的点,每个点重复上面两步,得到静态计算下volume-Etot的关系。
这三部的脚步可以通过以下脚本run_cell来进行,内容如下:
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in   5.20  5.23  5.26  5.29 5.32 5.35 5.38  5.41 5.44  5.47
do
cat > POSCAR << !
ureadopef
$i
0                      -1                0
0.8660254        0.5              0
0                      0               1.6230530
2
Direct
0.666666667  0.333333333    0.75
0.333333333  0.666666667    0.25
!
cp INCAR.relax INCAR
echo "a=$i angestrom"; mpiexec -np 8 vasp
cp CONTCAR POSCAR
cp INCAR.static INCAR
echo "a= $i angstrom ";mpiexec -np 8 vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf  "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'`
echo $V $E >>EtVo.dat
done
4.采用状态方程拟合得到的平衡态下的体积,体弹性模量。
5.在该体积下,重复上面第2步和第3步,得到平衡状态下的其他晶胞参数。这一步也就是:在的到了E(V)曲线后,通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积,计算出上面脚本中的变量$i的值,并改变$i的循环值,再运行run_cell计算一次,得到其他的结构参数c和位置u。


我的问题是:在执行sh run.cell命令时,出现错误提示是这样的:
run_cell: line 15: syntax error near unexpected token `newline'
run_cell: line 15: `!'
请问这是什么错误啊?谢谢!我改了改!附近的内容,还是不行。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cuicui2397

新虫 (小有名气)

是我自己大意了,已经知道什么错误了。
2楼2013-11-15 20:57:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不要烦恼

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cuicui2397 at 2013-11-15 20:57:12
是我自己大意了,已经知道什么错误了。

您好楼主,我初涉vasp,我在运行这里时候通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积,然后如何实现“计算出上面脚本中的变量$i的值,并改变$i的循环值,再运行run_cell计算一次,得到其他的结构参数c和位置u。”呢?
3楼2016-08-30 19:22:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

相丽温

新虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 不要烦恼 at 2016-08-30 19:22:02
您好楼主,我初涉vasp,我在运行这里时候通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积,然后如何实现“计算出上面脚本中的变量$i的值,并改变$i的循环值,再运行run_cell计算一次,得到其他的结构参数c和位置u。”呢?...

你好,我也是刚学VASP,不知道你的问题解决了吗?如何实现“计算出上面脚本中的变量$i的值,并改变$i的循环值,再运行run_cell计算一次,得到其他的结构参数c和位置u。”呢?
4楼2016-10-31 18:42:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cuicui2397 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 精华III评审感受-评审感受-评审感受 +14 ferrarichen 2026-05-11 18/900 2026-05-15 11:12 by cmhchen
[基金申请] 这年头没有找到涵评专家,还有中面上的可能吗 +9 dd921ww 2026-05-12 10/500 2026-05-15 10:41 by muyiliuhui
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 l7k6xnh0yc 2026-05-14 3/150 2026-05-15 09:23 by onwj4wpxp2
[基金申请] 青C资助名额大幅增加! +10 西葫芦炒鸡蛋 2026-05-13 14/700 2026-05-15 09:07 by gy116024
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cjf4bx70cj 2026-05-14 4/200 2026-05-15 09:03 by gagyerk94e
[文学芳草园] 风把牡丹吹跑了 +4 myrtle 2026-05-12 7/350 2026-05-14 23:58 by myrtle
[教师之家] 教学课件你会给同学吗 +8 硕士研究生吗 2026-05-13 8/400 2026-05-14 22:23 by 常规沥青
[考博] 26应届毕业生考博求助 +3 wo一定上岸 2026-05-13 3/150 2026-05-14 21:47 by 明海天涯
[基金申请] 重磅!青年科学基金项目(C类)资助增幅预计超过50% +5 水和泥不是水泥 2026-05-13 7/350 2026-05-14 20:57 by 水和泥不是水泥
[有机交流] 求助2,4-二氯-5-嘧啶甲醛的合成方法 20+3 光吃不拉 2026-05-14 5/250 2026-05-14 20:15 by 一切都是空工
[高分子] 本人最近太闲了,谁有问题可以提,每天会统一回复 +8 一切都是空工 2026-05-12 19/950 2026-05-14 20:03 by 一切都是空工
[考博] 申博自荐 +4 食品的橙子 2026-05-09 6/300 2026-05-14 16:05 by great1919
[考博] 材料类只有一篇综述能申博么 +4 乐逍遥谷 2026-05-13 4/200 2026-05-14 12:05 by zhyzzh
[基金申请] 请问大佬b0816评完了吗 +3 市民华南虎 2026-05-12 7/350 2026-05-14 07:41 by 市民华南虎
[论文投稿] 有带发论文的吗 +3 山楂之术 2026-05-09 3/150 2026-05-13 17:56 by Cyhcl2629
[硕博家园] 导师各种操作恶心咋办 +11 苍白的小青天 2026-05-09 13/650 2026-05-13 17:11 by 六两废铜
[论文投稿] 求助大佬sci投稿哪个好中 +3 江沅188 2026-05-12 4/200 2026-05-13 14:35 by 江沅188
[考博] 西南大学考核制博士 +3 lijunjie84 2026-05-11 6/300 2026-05-12 18:09 by lijunjie84
[文学芳草园] 窗边初夏的小雨 +7 阿美_Lml888 2026-05-09 10/500 2026-05-12 15:27 by 阿美_Lml888
[考博] 现在不知道怎么办,感觉很痛苦 +4 qweww 2026-05-11 5/250 2026-05-11 20:23 by Oversize
信息提示
请填处理意见