24小时热门版块排行榜    

查看: 1489  |  回复: 3

cuicui2397

新虫 (小有名气)

[求助] vasp中,结构参数优化时,出现错误,求助!谢谢!

侯老师的vasp教程中,针对复杂情况的结构参数优化出现问题,求助!

复杂的情况,以六角结构Mg的晶格常数为例
1.先进行一次体积保持不变的粒子驰豫的计算(ISIF=5)
2再把优化得到的CONTCAR拷贝成POSCAR,进行一次静态的计算
3对a的值取10个左右的点,每个点重复上面两步,得到静态计算下volume-Etot的关系。
这三部的脚步可以通过以下脚本run_cell来进行,内容如下:
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in   5.20  5.23  5.26  5.29 5.32 5.35 5.38  5.41 5.44  5.47
do
cat > POSCAR << !
ureadopef
$i
0                      -1                0
0.8660254        0.5              0
0                      0               1.6230530
2
Direct
0.666666667  0.333333333    0.75
0.333333333  0.666666667    0.25
!
cp INCAR.relax INCAR
echo "a=$i angestrom"; mpiexec -np 8 vasp
cp CONTCAR POSCAR
cp INCAR.static INCAR
echo "a= $i angstrom ";mpiexec -np 8 vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf  "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'`
echo $V $E >>EtVo.dat
done
4.采用状态方程拟合得到的平衡态下的体积,体弹性模量。
5.在该体积下,重复上面第2步和第3步,得到平衡状态下的其他晶胞参数。这一步也就是:在的到了E(V)曲线后,通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积,计算出上面脚本中的变量$i的值,并改变$i的循环值,再运行run_cell计算一次,得到其他的结构参数c和位置u。


我的问题是:在执行sh run.cell命令时,出现错误提示是这样的:
run_cell: line 15: syntax error near unexpected token `newline'
run_cell: line 15: `!'
请问这是什么错误啊?谢谢!我改了改!附近的内容,还是不行。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cuicui2397

新虫 (小有名气)

是我自己大意了,已经知道什么错误了。
2楼2013-11-15 20:57:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不要烦恼

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cuicui2397 at 2013-11-15 20:57:12
是我自己大意了,已经知道什么错误了。

您好楼主,我初涉vasp,我在运行这里时候通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积,然后如何实现“计算出上面脚本中的变量$i的值,并改变$i的循环值,再运行run_cell计算一次,得到其他的结构参数c和位置u。”呢?
3楼2016-08-30 19:22:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

相丽温

新虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 不要烦恼 at 2016-08-30 19:22:02
您好楼主,我初涉vasp,我在运行这里时候通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积,然后如何实现“计算出上面脚本中的变量$i的值,并改变$i的循环值,再运行run_cell计算一次,得到其他的结构参数c和位置u。”呢?...

你好,我也是刚学VASP,不知道你的问题解决了吗?如何实现“计算出上面脚本中的变量$i的值,并改变$i的循环值,再运行run_cell计算一次,得到其他的结构参数c和位置u。”呢?
4楼2016-10-31 18:42:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cuicui2397 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +31 医学老男孩 2026-08-13 69/3450 2026-08-16 00:16 by mo_mo_mo_mo
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +9 majunge000 2026-08-11 11/550 2026-08-15 23:20 by botar
[基金申请] filecode +8 cratir 2026-08-14 12/600 2026-08-15 18:08 by zyfgau
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
请填处理意见