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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 请教3D-QSAR分子叠合的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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ky96998

金虫 (小有名气)

[交流] 请教3D-QSAR分子叠合的问题

用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象，样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似，而且将对接的分子构象全部导出，叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析，相关性几乎为零，在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487，为什么对接的很好，而q2值反而很差呢，相关性也很差呢？是不是对接方法不妥？这种情况该怎么解决呢？
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1楼 2007-12-12 02:51:49
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zxl102623

银虫 (正式写手)
★
小红豆(金币+1,VIP+0):3q!优秀！！
你检查一下看分子是不是都在网格点中呢？也或者是你的分子的活性值不好？
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2楼2007-12-12 09:26:30
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ky96998

金虫 (小有名气)
谢谢，我检查一下
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3楼2007-12-12 12:12:16
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luai071

木虫 (著名写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的帮助！欢迎你继续来计算模拟版解答问题
打分和活性不相关是正常的，因为目前对接打分的准确性还不怎么高

至于Q2不好，也不一定是出在叠合上，与训练集分子的选择也有很大关系，更不用说做模型时的一些参数设置了。最好多做几次，做时注意优化参数。祝你成功！
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4楼2007-12-12 18:34:48
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wjmed

木虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版解答问题。
可以尝试以下方法进行改进：
1、是不是活性值不太合理，比如为a±b，这样的数值很难处理。
2、如果化合物的数量多，可以尝试把线性不好的化合物剔除，应该能使模型好转。
3、叠合时，多尝试几种叠合公共骨架。
4、如果你的化合物和晶体结构中的小分子配体结构很相近，那么可以不用分子对接，直接在晶体结构中小分子配体的结构基础上进行修饰，构建你的分子结构，然后用最陡下降法作简单的优化，再用于叠合和回归分析。
5、试试AOS-APS，这个是北大来鲁华教授开发的用于优化CoMFA结果的程序，非常好用，你一定会喜欢的：
http://mdl.ipc.pku.edu.cn/cgi-bin/down.cgi?kind=e&no=1

[ Last edited by wjmed on 2007-12-14 at 11:11 ]
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Timeandtidewaitsfornoman!
5楼2007-12-14 08:46:03
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ky96998

金虫 (小有名气)
这个软件已经下载了，怎么安装和使用啊？有说明吗？
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6楼2007-12-15 02:16:04
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longway_long

金虫 (初入文坛)

很迟的回复

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):谢谢参与，欢迎常来！：）
发表一下自己的拙见，
q2我认为好像要看绝对值，趋向于0说明不好，负值说明是负相关，说明模型也有一定的参考价值，但是绝对值<0.5,还是说明模型不好
另外，有人提到AOS-APS，这个软件或程序是王任小教授开发的。
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7楼2007-12-26 21:18:06
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montclimber

金虫 (正式写手)

小建议

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):谢谢参与，欢迎常来！：）
我没有做过3D-QSAR,但是从化学角度看,如果把结构相似的化合物和某蛋白做对接,相似的部分总能叠合在一起吧.有时候,活性会因为某个药效团的引入而改变(前提是化合物骨架相近). 是否在做相关性分析前先把您要做的化合物分个类?

[ Last edited by montclimber on 2007-12-27 at 19:14 ]
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每天醒来都觉得不奔跑梦就要死了。
8楼2007-12-27 19:06:07
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wqwq0209

木虫 (初入文坛)

小建议

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，希望继续关注计算模拟版
5楼的意见很中肯，除此之外还可以考虑：
1.化合物换种别的电荷试试
2.剔除梯度不好的化合物时，可以先把所有的化合物先放在一起QSAR，再剔除偏离直线较远的点试试，当然这些被剔除的化合物的数据也就用不上了，如果强行加入测试集的话，会降低模型的预测能力
3.尝试不同的截断值
这些都是下策
早期的文章对q2值要求比较高，现在ACS上只是稍稍大于0.5的文章很多，关键是故事讲得精彩！
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9楼2007-12-27 21:50:15
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ky96998

金虫 (小有名气)
谢谢各位的指教
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10楼2007-12-27 22:11:08
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