| 查看: 1218 | 回复: 9 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
请教3D-QSAR分子叠合的问题
|
|||
| 用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象，样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似，而且将对接的分子构象全部导出，叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析，相关性几乎为零，在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487，为什么对接的很好，而q2值反而很差呢，相关性也很差呢？是不是对接方法不妥？这种情况该怎么解决呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
重庆交大26年硕士生招生拟调剂通知已出！欢迎加入光子学微结构与器件课题组。
已经有0人回复
-
UJN物理学专业调剂
已经有12人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有177人回复
-
北京纳米能源与系统研究所王中林院士/曹南颖研究员课题组招收2026硕士研究生1名
已经有0人回复
-
山西大同大学物理学硕士研究生招收调剂生
已经有0人回复
-
[调剂信息]211智能人工感知方向国家青年特聘专家课题组招收调剂研究生
已经有0人回复
-
［调剂信息］211智能人工感知方向国家青年特聘专家课题组招收调剂研究生
已经有0人回复
-
[调剂信息]211智能人工感知方向国家青年特聘专家课题组招收调剂研究生
已经有0人回复
-
一志愿物理所凝聚态物理352求调剂
已经有0人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有1人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
3楼2007-12-12 12:12:16
zxl102623
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 211.3
- 散金: 50
- 帖子: 338
- 在线: 118.3小时
- 虫号: 408525
- 注册: 2007-06-21
- 性别: MM
- 专业: 计算化学
2楼2007-12-12 09:26:30
luai071
木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3000.5
- 散金: 100
- 红花: 1
- 帖子: 1348
- 在线: 126.8小时
- 虫号: 351005
- 注册: 2007-04-21
- 专业: 合成药物化学
4楼2007-12-12 18:34:48
wjmed
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2795.1
- 红花: 8
- 帖子: 812
- 在线: 50.4小时
- 虫号: 96805
- 注册: 2005-11-07
- 性别: GG
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版解答问题。
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版解答问题。
|
可以尝试以下方法进行改进： 1、是不是活性值不太合理，比如为a±b，这样的数值很难处理。 2、如果化合物的数量多，可以尝试把线性不好的化合物剔除，应该能使模型好转。 3、叠合时，多尝试几种叠合公共骨架。 4、如果你的化合物和晶体结构中的小分子配体结构很相近，那么可以不用分子对接，直接在晶体结构中小分子配体的结构基础上进行修饰，构建你的分子结构，然后用最陡下降法作简单的优化，再用于叠合和回归分析。 5、试试AOS-APS，这个是北大来鲁华教授开发的用于优化CoMFA结果的程序，非常好用，你一定会喜欢的： http://mdl.ipc.pku.edu.cn/cgi-bin/down.cgi?kind=e&no=1 [ Last edited by wjmed on 2007-12-14 at 11:11 ] |
5楼2007-12-14 08:46:03
