| 查看: 1297 | 回复: 9 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
请教3D-QSAR分子叠合的问题
|
|||
| 用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象，样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似，而且将对接的分子构象全部导出，叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析，相关性几乎为零，在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487，为什么对接的很好，而q2值反而很差呢，相关性也很差呢？是不是对接方法不妥？这种情况该怎么解决呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
中国科学院东莞材料科学与技术研究所-2026年博士招生-吴昊研究员-磁学与自旋电子学
已经有0人回复
-
《电磁学》教材推荐
已经有1人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有167人回复
-
【急招】合肥工大核聚变材料计算方向2026级工程博士生
已经有4人回复
-
大豆异黄酮分离
已经有0人回复
-
湖南大学材料学院急招2026年博士生，临时增加一名博士联培指标
已经有10人回复
-
天津理工大学晶体材料全国重点实验室刘红军教授课题组招收博士生1-2名
已经有1人回复
-
中国科学院物理研究所谌志国研究员团队招收2027年博士研究生
已经有3人回复
-
2026年中德博士后交流项目 - 新型量子和磁性材料：材料制备表征和中子散射研究
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
wjmed
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2795.1
- 红花: 8
- 帖子: 812
- 在线: 50.4小时
- 虫号: 96805
- 注册: 2005-11-07
- 性别: GG
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版解答问题。
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版解答问题。
|
可以尝试以下方法进行改进： 1、是不是活性值不太合理，比如为a±b，这样的数值很难处理。 2、如果化合物的数量多，可以尝试把线性不好的化合物剔除，应该能使模型好转。 3、叠合时，多尝试几种叠合公共骨架。 4、如果你的化合物和晶体结构中的小分子配体结构很相近，那么可以不用分子对接，直接在晶体结构中小分子配体的结构基础上进行修饰，构建你的分子结构，然后用最陡下降法作简单的优化，再用于叠合和回归分析。 5、试试AOS-APS，这个是北大来鲁华教授开发的用于优化CoMFA结果的程序，非常好用，你一定会喜欢的： http://mdl.ipc.pku.edu.cn/cgi-bin/down.cgi?kind=e&no=1 [ Last edited by wjmed on 2007-12-14 at 11:11 ] |
5楼2007-12-14 08:46:03
zxl102623
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 211.3
- 散金: 50
- 帖子: 338
- 在线: 118.3小时
- 虫号: 408525
- 注册: 2007-06-21
- 性别: MM
- 专业: 计算化学
2楼2007-12-12 09:26:30
3楼2007-12-12 12:12:16
luai071
木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3000.5
- 散金: 100
- 红花: 1
- 帖子: 1348
- 在线: 126.8小时
- 虫号: 351005
- 注册: 2007-04-21
- 专业: 合成药物化学
4楼2007-12-12 18:34:48
10