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请教3D-QSAR分子叠合的问题
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| 用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象，样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似，而且将对接的分子构象全部导出，叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析，相关性几乎为零，在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487，为什么对接的很好，而q2值反而很差呢，相关性也很差呢？是不是对接方法不妥？这种情况该怎么解决呢？ |
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wjmed
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zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版解答问题。
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可以尝试以下方法进行改进： 1、是不是活性值不太合理，比如为a±b，这样的数值很难处理。 2、如果化合物的数量多，可以尝试把线性不好的化合物剔除，应该能使模型好转。 3、叠合时，多尝试几种叠合公共骨架。 4、如果你的化合物和晶体结构中的小分子配体结构很相近，那么可以不用分子对接，直接在晶体结构中小分子配体的结构基础上进行修饰，构建你的分子结构，然后用最陡下降法作简单的优化，再用于叠合和回归分析。 5、试试AOS-APS，这个是北大来鲁华教授开发的用于优化CoMFA结果的程序，非常好用，你一定会喜欢的： http://mdl.ipc.pku.edu.cn/cgi-bin/down.cgi?kind=e&no=1 [ Last edited by wjmed on 2007-12-14 at 11:11 ] |
5楼2007-12-14 08:46:03