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ky96998

金虫 (小有名气)

[交流] 请教3D-QSAR分子叠合的问题

用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象,样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似,而且将对接的分子构象全部导出,叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析,相关性几乎为零,在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487,为什么对接的很好,而q2值反而很差呢,相关性也很差呢?是不是对接方法不妥?这种情况该怎么解决呢?
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luai071

木虫 (著名写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的帮助!欢迎你继续来计算模拟版解答问题
打分和活性不相关是正常的,因为目前对接打分的准确性还不怎么高

至于Q2不好,也不一定是出在叠合上,与训练集分子的选择也有很大关系,更不用说做模型时的一些参数设置了。最好多做几次,做时注意优化参数。祝你成功!
4楼2007-12-12 18:34:48
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