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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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ky96998

金虫 (小有名气)

[交流] 请教3D-QSAR分子叠合的问题

用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象,样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似,而且将对接的分子构象全部导出,叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析,相关性几乎为零,在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487,为什么对接的很好,而q2值反而很差呢,相关性也很差呢?是不是对接方法不妥?这种情况该怎么解决呢?
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montclimber

金虫 (正式写手)

小建议

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):谢谢参与,欢迎常来!:)
我没有做过3D-QSAR,但是从化学角度看,如果把结构相似的化合物和某蛋白做对接,相似的部分总能叠合在一起吧.有时候,活性会因为某个药效团的引入而改变(前提是化合物骨架相近). 是否在做相关性分析前先把您要做的化合物分个类?

[ Last edited by montclimber on 2007-12-27 at 19:14 ]
每天醒来都觉得不奔跑梦就要死了。
8楼2007-12-27 19:06:07
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zxl102623

银虫 (正式写手)


小红豆(金币+1,VIP+0):3q!优秀!!
你检查一下看分子是不是都在网格点中呢?也或者是你的分子的活性值不好?
2楼2007-12-12 09:26:30
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ky96998

金虫 (小有名气)

谢谢,我检查一下
3楼2007-12-12 12:12:16
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luai071

木虫 (著名写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的帮助!欢迎你继续来计算模拟版解答问题
打分和活性不相关是正常的,因为目前对接打分的准确性还不怎么高

至于Q2不好,也不一定是出在叠合上,与训练集分子的选择也有很大关系,更不用说做模型时的一些参数设置了。最好多做几次,做时注意优化参数。祝你成功!
4楼2007-12-12 18:34:48
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