应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 请教3D-QSAR分子叠合的问题
51/1返回列表
查看: 1376  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ky96998

金虫 (小有名气)

[交流] 请教3D-QSAR分子叠合的问题

用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象，样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似，而且将对接的分子构象全部导出，叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析，相关性几乎为零，在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487，为什么对接的很好，而q2值反而很差呢，相关性也很差呢？是不是对接方法不妥？这种情况该怎么解决呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2007-12-12 02:51:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

montclimber

金虫 (正式写手)

小建议

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):谢谢参与，欢迎常来！：）
我没有做过3D-QSAR,但是从化学角度看,如果把结构相似的化合物和某蛋白做对接,相似的部分总能叠合在一起吧.有时候,活性会因为某个药效团的引入而改变(前提是化合物骨架相近). 是否在做相关性分析前先把您要做的化合物分个类?

[ Last edited by montclimber on 2007-12-27 at 19:14 ]
赞一下(10人) 回复此楼
每天醒来都觉得不奔跑梦就要死了。
8楼2007-12-27 19:06:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

zxl102623

银虫 (正式写手)
★
小红豆(金币+1,VIP+0):3q!优秀！！
你检查一下看分子是不是都在网格点中呢？也或者是你的分子的活性值不好？
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2007-12-12 09:26:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ky96998

金虫 (小有名气)
谢谢，我检查一下
回复此楼
3楼2007-12-12 12:12:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luai071

木虫 (著名写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的帮助！欢迎你继续来计算模拟版解答问题
打分和活性不相关是正常的，因为目前对接打分的准确性还不怎么高

至于Q2不好，也不一定是出在叠合上，与训练集分子的选择也有很大关系，更不用说做模型时的一些参数设置了。最好多做几次，做时注意优化参数。祝你成功！
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2007-12-12 18:34:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 科研孤儿太难了 +14 我4大白菜 2026-08-20 15/750 2026-08-20 22:33 by 袁向阳007
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +8 大萍1987 2026-08-20 10/500 2026-08-20 21:48 by 大萍1987
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+3 snowwithsea 2026-08-19 12/600 2026-08-20 15:56 by lfy8008
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭