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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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ky96998

金虫 (小有名气)

[交流] 请教3D-QSAR分子叠合的问题

用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象,样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似,而且将对接的分子构象全部导出,叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析,相关性几乎为零,在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487,为什么对接的很好,而q2值反而很差呢,相关性也很差呢?是不是对接方法不妥?这种情况该怎么解决呢?
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wqwq0209

木虫 (初入文坛)

小建议

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,希望继续关注计算模拟版
5楼的意见很中肯,除此之外还可以考虑:
1.化合物换种别的电荷试试
2.剔除梯度不好的化合物时,可以先把所有的化合物先放在一起QSAR,再剔除偏离直线较远的点试试,当然这些被剔除的化合物的数据也就用不上了,如果强行加入测试集的话,会降低模型的预测能力
3.尝试不同的截断值
这些都是下策
早期的文章对q2值要求比较高,现在ACS上只是稍稍大于0.5的文章很多,关键是故事讲得精彩!
9楼2007-12-27 21:50:15
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zxl102623

银虫 (正式写手)


小红豆(金币+1,VIP+0):3q!优秀!!
你检查一下看分子是不是都在网格点中呢?也或者是你的分子的活性值不好?
2楼2007-12-12 09:26:30
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ky96998

金虫 (小有名气)

谢谢,我检查一下
3楼2007-12-12 12:12:16
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luai071

木虫 (著名写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的帮助!欢迎你继续来计算模拟版解答问题
打分和活性不相关是正常的,因为目前对接打分的准确性还不怎么高

至于Q2不好,也不一定是出在叠合上,与训练集分子的选择也有很大关系,更不用说做模型时的一些参数设置了。最好多做几次,做时注意优化参数。祝你成功!
4楼2007-12-12 18:34:48
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