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ky96998

金虫 (小有名气)

[交流] 请教3D-QSAR分子叠合的问题

用surflexx分子对接的方法对样本进行叠合来获得分子的构象,样本的对接结果和晶体结构中配体的构象很相似,而且将对接的分子构象全部导出,叠合的很好。但是做活性和对接打分的相关性分析,相关性几乎为零,在COMFA中交叉验证的q2值为-0.487,为什么对接的很好,而q2值反而很差呢,相关性也很差呢?是不是对接方法不妥?这种情况该怎么解决呢?
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longway_long

金虫 (初入文坛)

很迟的回复

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):谢谢参与,欢迎常来!:)
发表一下自己的拙见,
q2我认为好像要看绝对值,趋向于0说明不好,负值说明是负相关,说明模型也有一定的参考价值,但是绝对值<0.5,还是说明模型不好
另外,有人提到AOS-APS,这个软件或程序是王任小教授开发的。
7楼2007-12-26 21:18:06
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zxl102623

银虫 (正式写手)


小红豆(金币+1,VIP+0):3q!优秀!!
你检查一下看分子是不是都在网格点中呢?也或者是你的分子的活性值不好?
2楼2007-12-12 09:26:30
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ky96998

金虫 (小有名气)

谢谢,我检查一下
3楼2007-12-12 12:12:16
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luai071

木虫 (著名写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的帮助!欢迎你继续来计算模拟版解答问题
打分和活性不相关是正常的,因为目前对接打分的准确性还不怎么高

至于Q2不好,也不一定是出在叠合上,与训练集分子的选择也有很大关系,更不用说做模型时的一些参数设置了。最好多做几次,做时注意优化参数。祝你成功!
4楼2007-12-12 18:34:48
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