24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3661  |  回复: 15
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 初学者求助-分子对接 问题

最近想学习DS中的Flexible Docking,可是定义蛋白时就出现问题了,请教各位大侠了!
      我从PDB数据库中下载下来蛋白的复合物,将其中的水分子和配体都删除了,也对其进行了加氢处理,在定义蛋白为受体的时候出现“The selected molecule contains alternate conformation. You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.”可是我不知道从哪可以删除构象啊。
     麻烦大家帮我看看啊,附件里是我DS中的蛋白。
初学者求助-分子对接 问题
12.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-25 20:16:02
这个是截图,设置好之后再clean protein就行了

a3.png

O(∩_∩)O谢谢,能不能给我介绍一下做分子对接的一般步骤呢,最好能详细点,我自己找的资料感觉缺少好多步骤呢,谢谢了。
4楼2013-10-25 20:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:29:48
这个好办,只要clean protein就行了,需要注意的是clean protein 的参数需要设置,在edit→preference→protein ultilities→clean protein 在里面把能够选的都勾上,其中有一项名字叫correct problems→alternate conformation,只要把它选上你这个问题就解决了
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
2楼2013-10-25 19:11:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:30:02
珍维永久: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-11-04 21:20:25
这个是截图,设置好之后再clean protein就行了
初学者求助-分子对接 问题-1
a3.png

宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
3楼2013-10-25 20:16:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-10-29 14:30:13
对接=准备蛋白+准备配体+对接参数设置+运行就可以啦
详细的话就很麻烦啦而且感觉我没有资格写教程啦- -!~ 你可以在网上搜搜,如果哪里遇到问题的话可以讨论一下共同进步
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
5楼2013-10-27 12:32:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 315分求调剂 +6 26考研上岸版26 2026-03-26 6/300 2026-03-27 19:54 by WYUMater
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
[考研] 283求调剂(080500) +4 A child 2026-03-27 4/200 2026-03-27 15:34 by XPU李庆
[考研] 322求调剂 +4 我真的很想学习 2026-03-23 4/200 2026-03-27 13:51 by 杨杨杨紫
[考研] 一志愿华东理工大学081700,初试分数271 +6 kotoko_ik 2026-03-23 7/350 2026-03-27 12:29 by 惠州彭于晏
[考研] 349求调剂 +5 杰斯塔里斯 2026-03-21 5/250 2026-03-27 00:31 by wxiongid
[考研] 325求调剂 +3 Aoyijiang 2026-03-23 3/150 2026-03-26 20:46 by 不吃魚的貓
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-26 19:57 by nihaoar
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 材料277求调剂 +5 min3 2026-03-24 5/250 2026-03-26 15:13 by zzll406
[考研] 0856求调剂 +8 zhn03 2026-03-25 9/450 2026-03-26 13:42 by zzll406
[考研] 26考研-291分-厦门大学(085601)-柔性电子学院材料工程专业求调剂 +3 min3 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:22 by xcjcqu
[考研] 0854电子信息求调剂 +7 α____ 2026-03-22 9/450 2026-03-25 13:37 by α____
[考研] 化学调剂 +6 yzysaa 2026-03-21 6/300 2026-03-25 09:27 by aa331100
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 石河子大学(211、双一流)硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 求调剂 +5 Zhangbod 2026-03-21 7/350 2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 一志愿南大,0703化学,分数336,求调剂 +3 收到VS 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:42 by 学员8dgXkO
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
信息提示
请填处理意见