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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 初学者求助-分子对接 问题

最近想学习DS中的Flexible Docking,可是定义蛋白时就出现问题了,请教各位大侠了!
      我从PDB数据库中下载下来蛋白的复合物,将其中的水分子和配体都删除了,也对其进行了加氢处理,在定义蛋白为受体的时候出现“The selected molecule contains alternate conformation. You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.”可是我不知道从哪可以删除构象啊。
     麻烦大家帮我看看啊,附件里是我DS中的蛋白。
初学者求助-分子对接 问题
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珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-25 20:16:02
这个是截图,设置好之后再clean protein就行了

a3.png

O(∩_∩)O谢谢,能不能给我介绍一下做分子对接的一般步骤呢,最好能详细点,我自己找的资料感觉缺少好多步骤呢,谢谢了。
4楼2013-10-25 20:47:51
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:29:48
这个好办,只要clean protein就行了,需要注意的是clean protein 的参数需要设置,在edit→preference→protein ultilities→clean protein 在里面把能够选的都勾上,其中有一项名字叫correct problems→alternate conformation,只要把它选上你这个问题就解决了
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
2楼2013-10-25 19:11:03
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:30:02
珍维永久: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-11-04 21:20:25
这个是截图,设置好之后再clean protein就行了
初学者求助-分子对接 问题-1
a3.png

宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
3楼2013-10-25 20:16:02
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-10-29 14:30:13
对接=准备蛋白+准备配体+对接参数设置+运行就可以啦
详细的话就很麻烦啦而且感觉我没有资格写教程啦- -!~ 你可以在网上搜搜,如果哪里遇到问题的话可以讨论一下共同进步
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
5楼2013-10-27 12:32:05
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